| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1411899 = | 41 (1.110) | 15 (0.520) | 13/184 | 1.2 | 27.0% | coding (50/936 nt) | ttcA | tRNA s(2)C32 thioltransferase, iron sulfur cluster protein |
| ? | NC_000913 | = 1434958 | 49 (1.700) | pseudogene (51/51 nt) | ttcC | pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related | |||||
TGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCATG > NC_000913/1411758‑1412045 | ggcaaaacgctgcaaaaggggcaaaaaaggggcaaaaaaagcgtggatgatcgtagcgtattgtggtcgctgatgatatttaacaccttgaaaactaagtaaaagacgtatgcggaagagagttgtgatgtttgcccttacttggtaag < 3:122497‑M1/8‑6 (MQ=255) gctgcAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAgg > 5:28677/1‑149 (MQ=255) tgcaaaaggggcaaaaaaggggcaaaaaaagagtggattatcgtagcttattgttgtcgctgatgatatttaacacattgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGtt > 7:169677‑M1/132‑136 (MQ=255) tgcaaaaggggcaaaaaaggggcaaaaaaagagtggattatcgtagcttattgttgtcgctgatgatatttaacacattgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGtt < 8:169677‑M1/5‑1 (MQ=255) cgcAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGttc < 6:28677/149‑1 (MQ=255) aaggggcaaaaaaggggcaaaaaaagagtggattatcgtagcttattgttgtcgctgatgatatttaacacattgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGttcttt < 5:140906‑M1/23‑1 (MQ=255) aGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTc < 4:15061/132‑1 (MQ=255) aGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTc > 3:15061/1‑132 (MQ=255) tataGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGa > 8:98896/1‑149 (MQ=255) tCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCt < 7:98896/147‑1 (MQ=255) tttACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCa > 3:105812/1‑149 (MQ=255) gattatcgtagcttattgttgtcgctgatgatatttaacacattgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGt > 4:19401‑M1/97‑114 (MQ=255) gattatcgtagcttattgttgtcgctgatgatatttaacacattgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGt < 3:19401‑M1/18‑1 (MQ=255) ccccGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGttctttct > 3:91921/1‑120 (MQ=255) ccccGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGttctttct < 4:91921/120‑1 (MQ=255) ccccGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGttct < 2:87532/116‑1 (MQ=255) ttatcgtagcttattgttgtcgctgatgatatttaacacattgaaaaataagttaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGtt < 8:88927‑M1/11‑1 (MQ=255) ttatcgtagcttattgttgtcgctgatgatatttaacacattgaaaaataagttaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGtt > 7:88927‑M1/95‑105 (MQ=255) aaaCCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTctct > 4:156011/1‑147 (MQ=255) aaaCCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTctct < 3:156011/147‑1 (MQ=255) aaaCCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTgg > 6:2355/1‑149 (MQ=255) gctgatgatatttaacacattgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAgg < 5:11258‑M1/9‑1 (MQ=255) gctgatgatatttaacacattgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAgg > 6:11258‑M1/74‑82 (MQ=255) gATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATgggg < 5:2355/149‑1 (MQ=255) aTCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATgggg > 1:23068/1‑148 (MQ=255) ccTTATTCAATCATATTGAAGTCAGAAATGGCTTCGACAACGTTACGACGCAGACGTATTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTACTTTCTTAGTAATTTTTTGATTTTCTTGc > 4:136750/1‑114 (MQ=37) cttcttCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAAt < 6:64023/139‑1 (MQ=255) cttcttCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAAt > 5:64023/1‑139 (MQ=255) atttaacacattgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGttctttct > 4:22317‑M1/65‑89 (MQ=255) atttaacacattgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGttctttct < 3:22317‑M1/25‑1 (MQ=255) tcttcAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTgg > 7:83469/1‑149 (MQ=255) cttcAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGCCGCAGACGGTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTgg < 4:105812/148‑1 (MQ=255) cAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTggg < 8:83469/146‑1 (MQ=255) acattgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCa < 6:28061‑M1/49‑1 (MQ=255) tCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCaaa > 1:38887/1‑149 (MQ=255) cATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCtt > 2:107869/1‑101 (MQ=255) cATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCtt < 1:107869/101‑1 (MQ=255) attgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGtt < 7:142758‑M1/19‑1 (MQ=255) attgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGtt > 8:142758‑M1/56‑74 (MQ=255) tgaaaaataagtaaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGttctttct > 6:123552‑M1/54‑78 (MQ=255) aataagtaaaatactaatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTACTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCa < 2:56401‑M1/100‑1 (MQ=255) gTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCt < 1:34542/91‑1 (MQ=255) gTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCt > 2:34542/1‑91 (MQ=255) tCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTa > 3:68926/1‑149 (MQ=255) aGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTAc < 2:23068/148‑1 (MQ=255) taaaatacttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGa < 2:124740‑M1/107‑1 (MQ=255) acttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTtctc < 7:145311‑M1/63‑1 (MQ=255) acttatgagtcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTtctc > 8:145311‑M1/37‑99 (MQ=255) cTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTgggg > 2:147413/1‑123 (MQ=255) 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tcagagagttgtgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCaa > 2:76444‑M1/28‑149 (MQ=255) aCGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTggggg < 5:61831/116‑1 (MQ=255) aCGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTggggg > 6:61831/1‑116 (MQ=255) gTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACa < 4:68926/149‑1 (MQ=255) acgCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAAc < 5:69948/113‑1 (MQ=255) acgCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAAc > 6:69948/1‑113 (MQ=255) tgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTggg < 1:189787‑M1/87‑1 (MQ=255) tgatttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTggg > 2:189787‑M1/17‑103 (MQ=255) aGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATgg > 4:164609/1‑91 (MQ=255) aGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATgg < 3:164609/91‑1 (MQ=255) tttttgcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGt > 1:56401‑M1/14‑148 (MQ=255) gcccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTtcgtc > 1:124740‑M1/9‑148 (MQ=255) ccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTggg > 4:133065‑M1/7‑93 (MQ=255) ccttacTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGtt < 5:59833‑M1/143‑1 (MQ=255) aTTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCATg > 6:38437/1‑149 (MQ=255) | TGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCATG > NC_000913/1411758‑1412045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |