| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,015,206 | 0 | T | C | 23.1% | 43.1 / 10.6 | 26 | V104A (GTT→GCT) | pqiC | DUF330 family putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/11); new base C (3/3); total (12/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACTATCTGGCGGGGAATGGTGTGGTTTATCAAACCAGTGATGTGAAGTATGTGATTGCCAACAACAACTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGT > NC_000913/1015059‑1015343 | aCTATCTGGCGGGGAATGGTGTGGTTTATCAAACCAGTGATGTGAAGTATGTGATTGCCAACAACAACTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGtt < 1:11954/149‑1 (MQ=255) aaTGGTGTGGTTTATCAAACCAGTGATGTGAAGTATGTGATTGCCAACAACAACTTGTGGGCCAGCCCGTGGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCctct < 3:37922/149‑1 (MQ=255) aaCCAGTGATGTGAAGTATGTGATTGCCAACAACAACTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCt > 1:178234/1‑122 (MQ=255) aaCCAGTGATGTGAAGTATGTGATTGCCAACAACAACTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCt < 2:178234/122‑1 (MQ=255) gtgAAGTATGTGATTGCCAACAACAACTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCGACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGc > 1:65327/1‑118 (MQ=255) gtgAAGTATGTGATTGCCAACAACAACTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCGACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGc < 2:65327/118‑1 (MQ=255) tgtgATTGCCAACAACAACTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTaa < 8:123749/149‑1 (MQ=255) tgagATTGCCAACAACAACTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGACTACGCAACTGCCCGGCAGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCACAATGTTACCgaac > 8:167117/4‑146 (MQ=255) caacaacaaCTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTAcc < 1:141637/136‑1 (MQ=255) caacaacaaCTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTAcc > 2:141637/1‑136 (MQ=255) aacaacaacTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTaa > 2:90212/1‑149 (MQ=255) ttGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGggtggt < 6:22167/80‑1 (MQ=255) ttGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGggtggt > 5:22167/1‑80 (MQ=255) ttGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTACCCGGCTGGGAGGCAACCACCCAGcc > 8:88844/1‑92 (MQ=255) ttGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTACCCGGCTGGGAGGCAACCACCCAGcc < 7:88844/92‑1 (MQ=255) ggCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTatgat < 7:167117/148‑1 (MQ=255) gCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCa > 4:54885/1‑79 (MQ=255) gCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCa < 3:54885/79‑1 (MQ=255) cAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTa > 7:167552/1‑92 (MQ=255) cAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTa < 8:167552/92‑1 (MQ=255) aaCACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCa > 2:113451/1‑130 (MQ=255) aaCACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCa < 1:113451/130‑1 (MQ=255) gCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAgtg > 7:25899/1‑113 (MQ=255) gCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAgtg < 8:25899/113‑1 (MQ=255) cagaggCTGGGAGGCAACCACCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGAt > 2:151124/5‑141 (MQ=255) cagaggCTGGGAGGCAACCACCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGAt < 1:151124/137‑1 (MQ=255) agaggCTGGGAGGCAACCACCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGtt < 7:59591/116‑1 (MQ=255) agaggCTGGGAGGCAACCACCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGtt > 8:59591/4‑119 (MQ=255) cGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtccgt < 1:90212/149‑1 (MQ=255) | ACTATCTGGCGGGGAATGGTGTGGTTTATCAAACCAGTGATGTGAAGTATGTGATTGCCAACAACAACTTGTGGGCCAGCCCGTTGGATCAACAGTTGCGCAACACCCTGGTTGCCAACCTGAGTACGCAACTGCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGT > NC_000913/1015059‑1015343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |