Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,761,309 | C→T | 7.7% | V161V (GTG→GTA) | sufD ← | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,761,309 | 0 | C | T | 7.7% | 159.3 / 2.9 | 52 | V161V (GTG→GTA) | sufD | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/20); new base T (2/2); total (30/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 |
ATTCGCTGCGACGTTGATAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACG > NC_000913/1761162‑1761452 | aTTCGCTGCGACGTTGATAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCa > 7:338532/1‑149 (MQ=255) aTTCGCTGCGACGTTGATAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCa > 1:3320/1‑149 (MQ=255) ttCGCTGCGACGTTGATAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCAc > 7:61389/1‑149 (MQ=255) ttGATAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGat < 8:338532/149‑1 (MQ=255) gATAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTATTGGGCAGGTTTCCCCTCTGCCCCGCCCCCGCCAGGGGTGaatt > 1:132709/1‑146 (MQ=255) tAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATg > 5:83352/1‑148 (MQ=255) tAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGc < 1:340696/149‑1 (MQ=255) gTAAAATGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCtt < 8:61389/149‑1 (MQ=255) aaaTGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCttt < 1:75514/147‑1 (MQ=255) aaaTGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCttt > 2:75514/1‑147 (MQ=255) tGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTgccgg > 4:39917/1‑149 (MQ=255) tcatTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCATTGGCTTTGCCGGCCGTTGAcc > 2:349776/1‑149 (MQ=255) catTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACcg > 6:35617/1‑149 (MQ=255) atTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACcgc > 1:286676/1‑149 (MQ=255) atTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACcgc > 2:240777/1‑149 (MQ=255) gCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCa < 1:196304/149‑1 (MQ=255) aCAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCttt > 4:294103/1‑123 (MQ=255) aCAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCttt < 3:294103/123‑1 (MQ=255) aaaaTGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCttt < 1:223242/121‑1 (MQ=255) aaaaTGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCttt > 2:223242/1‑121 (MQ=255) gATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGc > 2:75261/1‑138 (MQ=255) gATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGc < 1:75261/138‑1 (MQ=255) tCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGc < 6:81815/143‑1 (MQ=255) tCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGc > 5:81815/1‑143 (MQ=255) ccGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCtt < 1:240777/149‑1 (MQ=255) cGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCa < 2:286676/147‑1 (MQ=255) cGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCa < 6:83352/147‑1 (MQ=255) ggCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAgg < 2:3320/148‑1 (MQ=255) ttCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTCCCGGCAGTTGACCGCGCTTCACGGCGATAAGCGTCACGCTTTGTGACAGGCTTACCg > 7:239943/1‑149 (MQ=255) gCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCa > 4:125737/1‑148 (MQ=255) gCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCa > 4:222141/1‑148 (MQ=255) cagatccagatGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCTACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCgcgc > 2:272184/1‑103 (MQ=255) cagatccagatGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCTACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCgcgc < 1:277078/103‑1 (MQ=255) cagatccagatGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCTACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCgcgc < 1:272184/103‑1 (MQ=255) cagatccagatGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCTACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCgcgc > 2:277078/1‑103 (MQ=255) atccagatGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATg > 7:29147/1‑147 (MQ=255) ccagatGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAg > 6:292834/1‑148 (MQ=255) gatgatGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAac < 5:292834/149‑1 (MQ=255) atgTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACtt < 3:222141/149‑1 (MQ=255) tgTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTc < 5:35617/149‑1 (MQ=255) tgtTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCa > 4:155524/1‑123 (MQ=255) tgtTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCa < 3:155524/123‑1 (MQ=255) tgtTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCg > 1:22848/1‑149 (MQ=255) ttCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATa < 6:245884/141‑1 (MQ=255) ttCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATa > 5:245884/1‑141 (MQ=255) ctctTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCCATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGAAAAc > 5:232116/1‑149 (MQ=255) ctctTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTc > 7:153383/1‑141 (MQ=255) ctctTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTc < 8:153383/141‑1 (MQ=255) tctTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAAcc > 5:277831/1‑149 (MQ=255) tctTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAAcc > 8:219042/1‑149 (MQ=255) ctTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAAccc > 2:289862/1‑149 (MQ=255) ccTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACg < 7:219042/149‑1 (MQ=255) | ATTCGCTGCGACGTTGATAGTGAACCGTGCCCCGGTAAAATGACGAGCATCATTCAGGCTGACAAAATGTTCGATCACCGTTGCTTCGGCACCTTCCGCCAGATCCAGATGATGTCGGTAATGGGCAGTGTTCACCTCTTCACCTGCCACGCCCTGGGTGATATGCATTAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACG > NC_000913/1761162‑1761452 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |