| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4349233 | 156 (1.730) | 5 (0.060) | 5/232 | NT | 3.5% | intergenic (‑489/+82) | dcuB/dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS |
| ? | NC_000913 | = 4349250 | 137 (1.670) | intergenic (‑506/+65) | dcuB/dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4349078‑4349233‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctggcacaagttACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATTATCCCTCCATCATCGCTAAAAATTAATATCTCTTCAGGTGAACGGTGTTTTTAATTTCAAAACGCTAACAAAAGTTAATTAACTATTATGTCACCCGCATTAT < NC_000913/4349250‑4349106 ATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCT < 6:401415/146‑1 ACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCAC > 3:328089/1‑147 CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAG > 3:340401/1‑149 CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTG > 5:120624/1‑142 CCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTG < 6:120624/142‑1 CCCATTTCTGGGGAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAAGTTAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTATTTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAG > 6:399161/1‑149 GGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCA < 1:208687/149‑1 TAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAA > 3:316553/1‑148 TTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATT < 4:316553/149‑1 TTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGC < 6:224813/129‑1 TTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGC > 5:224813/1‑129 CTGGCACAAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATTATCCCTCCATCATCGCTAAAAATTAATATCTCTTCAGGTGAACGGTGTTTTTAATTTCAAAACGCTAACAAAAGTTAATTAACTATTATGTCACC < 4:99250/149‑1 CTGGCACAAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATTATCCCTCCATCATCGCTAAAAATTAATATCTCTTCAGGTGAACGGTGTTTTTAATTTCAAAACGCTAACAAAAGTTAATTAACTATT < 5:188518/141‑1 CTGGCACAAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATTATCCCTCCATCATCGCTAAAAATTAATATCTCTTCAGGTGAACGGTGTTTTTAATTTCAAAACGCTAACAAAAGTTAATTAACTATT > 6:188518/1‑141 GCACAAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATTATCCCTCCATCATCTCTAAAAATTAATATCTCTTCAGGTGAACGGTGTTTTTAATTTCAAAACGCTAACAAAAGTTAATTAACTATTATGTCACCC < 8:113747/147‑1 ACAAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATTATCCCTCCATCATCGCTAAAAATTAATATCTCTTCAGGTGAACGGTGTTTTTAATTTCAAAACGCTAACAAAAGTTAATTAACTATTATGTCACCCGCAT < 5:194871/149‑1 AAGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATTATCCCTCCATCATCGCTAAAAATTAATATCTCTTCAGGTGAACGGTGTTTTTAATTTCAAAACGCTAACAAAAGTTAATTAACTATTATGTCACCCGCATTA < 5:151760/149‑1 AGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATTATCCCTCCATCATCGCTAAAAATTAATATCTCTTCAGGTGAACGGTGTTTTTAATTTCAAAACGCTAACAAAAGTTAATTAACTATTATGTCACCCGCATTAT < 8:367594/149‑1 AGTTACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATTATCCCTCCATCATCGCTAAAAATTAATATCTCTTCAGGTGAACGGTGTTTTTAATTTCAAAACGCTAACAAAAGTTAATTAACTATTATGTCACCCGCATTAT < 3:287348/149‑1 ATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4349078‑4349233‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctggcacaagttACATCCTTCATCAGTAAAACTTGTGCCAGATCAAATATAATTATCCCTCCATCATCGCTAAAAATTAATATCTCTTCAGGTGAACGGTGTTTTTAATTTCAAAACGCTAACAAAAGTTAATTAACTATTATGTCACCCGCATTAT < NC_000913/4349250‑4349106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |