| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,114,526 | G→T | 6.3% | intergenic (‑174/+24) | pppA ← / ← sslE | bifunctional prepilin leader peptidase/ methylase/putative secreted and surface‑associated lipoprotein mucinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,114,526 | 0 | G | T | 6.3% | 346.4 / 6.1 | 110 | intergenic (‑174/+24) | pppA/sslE | bifunctional prepilin leader peptidase/ methylase/putative secreted and surface‑associated lipoprotein mucinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/55); new base T (3/4); total (51/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TGGATGCGGCGTAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACACCGCCCTCGAAGCTC > NC_000913/3114380‑3114673 | tGGATGCGGCGTAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAg > 8:283004/1‑149 (MQ=255) ggATGCGGCGTAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAgc > 3:315843/1‑149 (MQ=255) gATGCGGCGTAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAg < 2:411684/147‑1 (MQ=255) cggcgTAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCt < 8:328181/148‑1 (MQ=255) cggcgTAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCt < 5:370558/148‑1 (MQ=255) gcgTAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTAt < 3:340211/149‑1 (MQ=255) gcgTAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTAt > 1:223916/1‑149 (MQ=255) tAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCg < 4:286652/149‑1 (MQ=255) tAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCg > 7:274670/1‑149 (MQ=255) aaaCGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGc > 7:420848/1‑149 (MQ=255) aaaCGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGc > 3:90779/1‑149 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGcc > 6:387390/1‑149 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGcc > 6:393464/1‑149 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGATTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTACCCCGGTTAGCCTTATTTACTGCCTGATGCGGCGCGAGCGCCTTagactgac > 8:295702/1‑142 (MQ=255) aCGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTCCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATAAGGCGCTCGCGcc > 6:350473/1‑138 (MQ=255) aCGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTCCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATAAGGCGCTCGCGcc < 5:350473/138‑1 (MQ=255) cGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTa < 7:137828/149‑1 (MQ=255) cTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCTCGCGCCGCATCCGGcatgaaa < 5:74799/149‑7 (MQ=255) tATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGc > 3:3521/1‑149 (MQ=255) tATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGc > 3:335809/1‑149 (MQ=255) tccttcctACGGGTGGCTGCCAGCGCAAATAATCGCGTCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCCGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCCTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCt < 5:379308/148‑1 (MQ=39) tCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCt < 2:213829/148‑1 (MQ=255) tCCGTCCTACGGATGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGc > 6:201565/1‑139 (MQ=255) tCCGTCCTACGGATGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGc < 5:201565/139‑1 (MQ=255) tCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATAAGGCGCTCGCGCCGCATcc < 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cGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACACGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTa < 4:291093/149‑1 (MQ=255) ggTGTGCCTTATTTCTTGCGGGATGCGGCGCGAGCGCAGTTTCCGGCGTACGGGCTTACTCTGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTaa < 4:77272/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTaa < 1:391241/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTaa < 8:172735/149‑1 (MQ=255) gTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAg > 6:278424/1‑149 (MQ=255) 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tGCCGGATGCCGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGCCGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCacac > 2:387616/1‑149 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACAcc > 2:233949/1‑149 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACAcc > 3:391473/1‑149 (MQ=255) cGGATAAGGCGCTCGCGCCGCATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTCTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACACCGc > 7:403136/1‑149 (MQ=255) ataaggcgCTCGCGCCGCATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTCTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACACCGCCCt < 8:403136/145‑1 (MQ=255) aTGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACACCGCCCt < 3:335287/149‑1 (MQ=255) aTGCGGCGCGAGCACCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACACCGCCCt < 6:19291/149‑1 (MQ=255) tGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACACCGCCCTc > 1:11907/1‑149 (MQ=255) cgcgAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACACCGCCCTCGAAGc < 4:90779/149‑1 (MQ=255) cgAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACACCGCCCTCGAAGCTc < 8:274670/149‑1 (MQ=255) cgAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACAACTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACACCGCCCTCGAAGCTc < 5:174030/149‑1 (MQ=255) | TGGATGCGGCGTAAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGTGTCTGCCAGCGCAAATAATCGCGGCTTTCCCCGTCTGTAGGCCCGATAAGCAGGCGCATCGGGCAAATGTGTTAACCCGGTGCGCCTTATTTCATGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGGCTTACTCGGCAGACATCTTATGCTCGGTAACCTGATTAATGGTTTCCGGTCCCTGTTCCGGTTTCGGCAGATCGAGTGACGCGAGCGTGTTGTAAGCCGACTGGCTCACACCGCCCTCGAAGCTC > NC_000913/3114380‑3114673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |