| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,285,320 | T→A | 5.1% | intergenic (‑107/+93) | yjcH ← / ← acs | DUF485 family inner membrane protein/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,285,320 | 0 | T | A | 5.1% | 467.6 / 9.8 | 138 | intergenic (‑107/+93) | yjcH/acs | DUF485 family inner membrane protein/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/63); new base A (4/3); total (72/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TGCGCATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGC > NC_000913/4285173‑4285465 | cgcATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTAc < 7:425041/149‑1 (MQ=255) cgcATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTAc < 1:276975/149‑1 (MQ=255) cATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTAcgc < 8:260686/149‑1 (MQ=255) 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aGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGCCTCGCAGCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAagcagc > 3:92235/1‑149 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAAGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGa > 5:129623/1‑115 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAAGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGa < 6:129623/115‑1 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAagcagc < 7:321884/148‑1 (MQ=255) gCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTGGCGTCTTATCAGGCCTACCAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCtt > 7:98657/1‑149 (MQ=255) gCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCtt > 7:217817/1‑149 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTtc < 2:85070/149‑1 (MQ=255) cGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTtct > 4:200306/1‑149 (MQ=255) ggATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTtctc < 3:355884/149‑1 (MQ=255) aGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTtctc < 2:159577/144‑1 (MQ=255) gTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGCCTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGc > 3:386261/1‑148 (MQ=255) gTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGc > 2:370245/1‑148 (MQ=255) | TGCGCATTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGC > NC_000913/4285173‑4285465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |