| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,293,032 | IS1 (–) +8 bp | intergenic (‑110/‑488) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | 42 (1.400) | 39/222 | 0.0 | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 1293039 | 0 (0.000) | intergenic (‑117/‑488) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 291401 | NA (NA) | 15 (0.500) | 14/222 | 1.1 | 100% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1293032 = | 0 (0.000) | intergenic (‑110/‑495) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
TTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCA > NC_000913/1292897‑1293185 | ttCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaat < 5:98510‑M2/149‑7 (MQ=255) ttttAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactc > 4:72788‑M2/1‑136 (MQ=255) ttttAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCACAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactc < 3:72788‑M2/147‑12 (MQ=255) cttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTc 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(MQ=255) ctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTgccgc > 3:51306‑M2/48‑56 (MQ=255) ctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTgccgc < 4:51306‑M2/9‑1 (MQ=255) ctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCtt < 5:38852‑M2/22‑1 (MQ=255) ctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCtt > 6:38852‑M2/48‑69 (MQ=255) tgCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttcc > 4:140408‑M2/1‑51 (MQ=255) cAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgata > 4:122012‑M2/1‑49 (MQ=255) cAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgata < 3:122012‑M2/73‑25 (MQ=255) atacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGAcgcg < 2:135343‑M2/49‑1 (MQ=255) atacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGAcgcg > 1:135343‑M2/33‑81 (MQ=255) 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2:8927‑M2/61‑37 (MQ=255) aaaaTTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttga > 7:16416‑M2/1‑24 (MQ=255) aaaaTTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttga < 8:16416‑M2/105‑82 (MQ=255) aaaaTTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc > 5:165443‑M2/1‑24 (MQ=255) aaaaTTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgc < 6:165443‑M2/88‑65 (MQ=255) aaaTTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagc > 1:65522‑M2/1‑23 (MQ=255) aaaTTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagc < 2:65522‑M2/129‑107 (MQ=255) gttgcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |