| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 1978062 | 76 (0.840) | 3 (0.030) | 3/260 | NT | 3.8% | coding (136/351 nt) | flhD | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC |
| ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTGTTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACC > NC_000913/1977914‑1978207 | atgatgCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAAGGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTaa < 8:176509/149‑1 (MQ=255) gatgCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAAg > 1:136463‑M1/1‑147 (MQ=255) ccGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGt < 8:70339/149‑1 (MQ=255) cGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTAAGTGCCGCTAACGTTGTc > 2:300215/1‑149 (MQ=255) ggTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCGGTGCCGCTAACGGTGTCg > 6:104125/1‑149 (MQ=255) tGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCAt < 6:352269/149‑1 (MQ=255) aTTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATttc < 4:386361/149‑1 (MQ=255) gaTCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAATTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATg > 6:345636/1‑149 (MQ=255) gaTCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGCCAAACCAGTTGAATGGTTTCTGCCAGCGTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATg > 1:339869/1‑149 (MQ=255) gaTCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATg > 4:186072/1‑149 (MQ=255) aTCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCAAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGc < 8:211756/132‑1 (MQ=255) aTCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCAAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGc > 7:211756/1‑132 (MQ=255) gTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGcc > 3:154801/1‑147 (MQ=255) aaCGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGAc > 6:215994/1‑149 (MQ=255) aaCGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTAAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCgaga < 1:300215/148‑1 (MQ=255) ggagAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGaaa < 8:421391/146‑1 (MQ=255) gggAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGaaa > 1:186492/1‑148 (MQ=255) gggAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGGTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGGTGTCGCCATTTCGTCATTTATGCCGAGCCGaaa > 2:214264/1‑148 (MQ=255) aTCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCTTTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAg < 2:186492/149‑1 (MQ=255) ttGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCgg > 6:224333/1‑149 (MQ=255) gCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGc < 3:130000/145‑1 (MQ=255) cGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACg > 1:260531/1‑149 (MQ=255) cGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACg > 8:247846/1‑149 (MQ=255) gtaaaCTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGc < 6:37742/146‑1 (MQ=255) aaCTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCtt < 8:118744/148‑1 (MQ=255) aCTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTg > 2:144422/1‑149 (MQ=255) tGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATTCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTc > 6:32955/1‑149 (MQ=255) tGAGTAATCGTCTGGTGGCTGGCAAAACGGAAGTGACAACCCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTc > 6:104164/1‑149 (MQ=255) tGAGAAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTc > 2:176873/1‑149 (MQ=255) 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tggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAAg > 5:259193‑M1/1‑80 (MQ=255) tggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACg > 4:87280/1‑149 (MQ=255) tggCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTGCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACg > 5:141266/1‑149 (MQ=255) gCTGTCAAAACGTAAGTGACTAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCGTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCt < 2:339869/149‑1 (MQ=255) gCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCt < 4:154801/149‑1 (MQ=255) tGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCtgt > 1:341000/1‑149 (MQ=255) 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gCTAAtgtaggtgctaacaagtccctgatatgtgatcatgtttgtcatctggagccatagataagggttcatcatgagtcatcaacttaccttcgccgacagtgaattcagcagtaagcgccgtcagaccagaaaagagattttcttg < 5:333272‑M1/148‑144 (MQ=255) aaCGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTGTTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTcccacc > 7:350634/1‑147 (MQ=255) aCGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTGTTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTaccacc > 7:286738/1‑146 (MQ=255) | ATGATGCCGGTATGAATTTGCTGGAGATCGTCAACGCGGGAATCTTGCGTCAACTGAGTAATCGTCTGGTGGCTGTCAAAACGGAAGTGACAAACCAGTTGATTGGTTTCTGCCAGCTTAACCATTTGCGGAAGAGTCAGTGCCGCTAACGTTGTCGCCATTTCTTCATTTATGCCGAGACGAAACATAGCGGACGCTTTGTCCTGAACAATCAAACGCTGTGCAAGTAGTAAATATGACAAGTTGATGTCATAAATGTGTTTCAGCAACTCGGAGGTATGCATTATTCCCACC > NC_000913/1977914‑1978207 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |