| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3083839 | 112 (1.230) | 4 (0.050) | 4/242 | NT | 3.4% | intergenic (‑42/+96) | speB/speA | agmatinase/biosynthetic arginine decarboxylase, PLP‑binding |
| ? | NC_000913 | = 3083858 | 120 (1.420) | intergenic (‑61/+77) | speB/speA | agmatinase/biosynthetic arginine decarboxylase, PLP‑binding | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
ACCCAGTCTGCATCGCTGTCATACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTACAAACCTGCCTCGAACTCTTCAA > NC_000913/3083691‑3083987 | cATCGCTGTCATACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGcgtcgt < 2:144927/146‑1 (MQ=255) cATCGCTGTCATACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGtt < 2:161458/147‑1 (MQ=255) cATCGCTGTCATACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAg > 5:51696/1‑149 (MQ=255) aTCGCTGTCATACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGGTGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAgg > 7:203876/1‑149 (MQ=255) gTCATACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAg > 1:149992/1‑142 (MQ=255) gTCATACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAg < 2:149992/142‑1 (MQ=255) tCATACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCcgac > 6:372167/1‑148 (MQ=255) cATACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCcgac > 2:234943/1‑147 (MQ=255) aTACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCcgcg < 8:40361/132‑1 (MQ=255) 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aaaGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGAt > 8:421686/1‑149 (MQ=255) aaGGCATTGTAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGa < 3:105381/147‑1 (MQ=255) aaGGCATTGGAAGCCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGAGTCCTTTTAGAAAGTCGATTTAAAAATACCCTTCCGCGTCGTTAGGCGCGGCGAGGAGGGGTTGGAGTTGTGACTATAAATTGTGGCggc > 4:105381/1‑146 (MQ=255) aaGGCATTGCAAACCAGTGAGTTATCGTATGGATGACCTCAGGGGCTCCTGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGTTATAAAAAAACCCTTCCGCGGCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGAtt < 3:18441/149‑1 (MQ=255) gCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATc < 7:248248/149‑1 (MQ=255) 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aCCCTTCCtcgtcgggcctaacgacgcggaagggtttttttatatcgactttgtaataggagtccatccatgagcaccttaggtcatcaatacgataactcactggtttccaatgcctttggttttttacgcctgccgatgaacttc > 8:112982‑M1/1‑8 (MQ=255) cTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTACAAACCTGCCTCGAActct < 5:231130/149‑1 (MQ=255) cTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTACAAACCTGCCTCGAActct < 6:184900/149‑1 (MQ=255) cTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAAATGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAATTAACACAGGAGTTAGTCATGTTAAAGATAAGTATAACCGTACAAACCTTCCTCGAActct > 7:153453/1‑149 (MQ=255) ttCCtcgtcgggcctaacgacgcggaagggtttttttatatcgactttgtaataggagtccatccatgagcaccttaggtcatcaatacgataactcactggtttccaatgcctttggttttttacgcctgcc > 3:88979‑M1/1‑4 (MQ=255) ttCCtcgtcgggcctaacgacgcggaagggtttttttatatcgactttgtaataggagtccatccatgagcaccttaggtcatcaatacgataactcactggtttccaatgcctttggttttttacgcctgcc < 4:88979‑M1/133‑130 (MQ=255) ttCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTACAAACCTGCCTCGAACTCtt > 3:89845/1‑149 (MQ=255) ccGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTACAAACCTGCCTCGAACTCTTc < 1:244885/148‑1 (MQ=255) cgcgTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTACAAACCTGCCTCGAACTCTTCaa < 8:101806/149‑1 (MQ=255) | ACCCAGTCTGCATCGCTGTCATACGGCTGGAAGTTCATCGGCAGGCGTAAAAAACCAAAGGCATTGGAAACCAGTGAGTTATCGTATTGATGACCTAAGGTGCTCATGGATGGACTCCTATTACAAAGTCGATATAAAAAAACCCTTCCGCGTCGTTAGGCCCGACGAGGAAGGGTTGGATTTGTCACAATAAATTGTGGCGGATTATCACCGCTAAATTAAGCGGATTCAAGTAACACAGGACTTACTCATCTTCAAGATAAGTATAACCGTACAAACCTGCCTCGAACTCTTCAA > NC_000913/3083691‑3083987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |