| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 413,124 | A→T | 5.3% | V877D (GTT→GAT) | sbcC ← | exonuclease, dsDNA, ATP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 413,124 | 0 | A | T | 5.3% | 263.8 / 3.7 | 87 | V877D (GTT→GAT) | sbcC | exonuclease, dsDNA, ATP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/39); new base T (2/3); total (45/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
CGCTGTAACAGATAGCGCCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAATCTCGCCTTGACTCGTGGTGTTTTCACGCAACTTTTGGTGAGTTTGCGCTAACTCTTGCT > NC_000913/412977‑413268 | cgcTGTAACAGATAGCGCCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAAc < 6:164754/149‑1 (MQ=255) gcTGTAACAGATAGCGCCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAAcc < 5:249577/149‑1 (MQ=255) tAACAGATAGCGCCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACctgct < 4:153964/149‑1 (MQ=255) aaCAGATAGCGCCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACctgctg > 8:164583/1‑149 (MQ=255) aCAGATAGCGCCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCtgctgc > 1:223575/1‑149 (MQ=255) gATAGCGCCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTc < 6:254123/149‑1 (MQ=255) gcgcCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCAttt < 4:134982/149‑1 (MQ=255) cgcCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCAttt > 7:24280/1‑148 (MQ=255) gcCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGa < 6:368534/149‑1 (MQ=255) cccGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAg > 8:250466/1‑149 (MQ=255) ccGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCAATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAg > 7:14461/1‑148 (MQ=255) cGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGc > 3:31969/1‑148 (MQ=255) cAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGGCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAAtt < 1:111480/148‑1 (MQ=255) ccGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTtgct > 2:38125/1‑149 (MQ=255) gggTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTtgctg > 7:422949/1‑148 (MQ=255) gTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAg < 6:50945/149‑1 (MQ=255) ttGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAgg > 5:199434/1‑149 (MQ=255) gATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTttgt > 8:104650/1‑149 (MQ=255) gATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTttgt > 1:165106/1‑149 (MQ=255) gATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAACGAATTCAGATATCCCCAGTCATCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTttgt > 5:33505/1‑149 (MQ=255) aTTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTttgtt > 7:171258/1‑149 (MQ=255) aTTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTttgtt > 1:106016/1‑149 (MQ=255) aTTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTttgtt < 3:1490/149‑1 (MQ=255) ttAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTttgttg < 2:159118/149‑1 (MQ=255) gCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTttgttgtt < 7:250466/148‑1 (MQ=255) cGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGc < 7:418088/149‑1 (MQ=255) gaTGGACTAATTTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTGAGTTATCCCCAGTCCTCAAGCTGGTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGa < 1:389739/149‑1 (MQ=255) tGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACg < 1:38125/149‑1 (MQ=255) gACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACgg < 8:422949/148‑1 (MQ=255) gACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGt > 3:285545/1‑149 (MQ=255) caCTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACgg < 8:24342/147‑1 (MQ=255) aatAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGtt < 3:31701/147‑1 (MQ=255) aCTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGtt < 2:106016/149‑1 (MQ=255) cTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCg > 6:58492/1‑102 (MQ=255) cTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCg < 5:58492/102‑1 (MQ=255) tAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAg < 2:263199/127‑1 (MQ=255) tAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAg > 1:263199/1‑127 (MQ=255) tAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTAt > 7:350285/1‑149 (MQ=255) aaTTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCt > 5:292922/1‑149 (MQ=255) aaTTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCAATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTAt < 8:14461/147‑1 (MQ=255) cAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATcc < 7:164583/148‑1 (MQ=255) cGTCAGCCACTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCt > 2:72212/1‑149 (MQ=255) gTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCtt < 2:331045/149‑1 (MQ=255) aGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCATCCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAg > 1:125054/1‑149 (MQ=255) aGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCATCCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAg > 1:119410/1‑149 (MQ=255) cTGGGGATACTTGCGGAATTTATCTCCGTCTTTGGAAGCTATTAGCGAATTCTGATATCGCCAGTCCTCATGCTGGTGCGTCTTTTGTGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGGATCCTGCTTCAgctgct < 8:24280/149‑1 (MQ=255) cTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAgctgct > 5:9726/1‑149 (MQ=255) aaCTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAAt < 1:129011/149‑1 (MQ=255) ggAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATGTCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAATCTCGCCt > 3:201407/1‑149 (MQ=255) ggAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCACCCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAATCTCGCCt > 4:255295/1‑149 (MQ=255) ggAAATAATCGCCCTCTTTTGAACCTATTATCGAATACAGATATACCCACTCCTCACCCTGCTGCGTCATTTGACCACTTTGCTCCATTAACGTTTGAAGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAATCACTCCt > 8:92342/1‑149 (MQ=255) 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atatCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAATCTCGCCTTGACTCgtg < 1:187545/118‑1 (MQ=255) atatCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAATCTCGCCTTGACTCgtg > 2:187545/1‑118 (MQ=255) atatCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAATCTCGCCTTGACTCGTGGTGTTTTCACGCAACTTTTGGTGAGTTTgcg > 8:323913/1‑149 (MQ=255) ccAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCt > 3:374549/1‑70 (MQ=255) ccAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCt < 4:374549/70‑1 (MQ=255) cTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAATCTCGCCTTGACTCGTGGTGTTTTCACGCAACTTTTGGTGAGTTTGCGCTAACTCTTGc < 4:170312/148‑1 (MQ=255) tCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAATCTCGCCTTGACTCGTGGTGTTTTCACGCAACTTTTGGTGAGTTTGCGCTAACTCTTGCt > 5:142510/1‑148 (MQ=255) | CGCTGTAACAGATAGCGCCCGTGCAGCCGGGTAAGTTGCTGATTAGCGAGATGGACTAAATTATCCAGCGTCAGCCCCTGGGCAAACTTGCGGAATTTATCGCCCTCTTTGGAACCTATTAGCGAATTCAGATATCCCCAGTCCTCAACCTGCTGCGTCATTTGAGCAATTTGCTGCATTAAGGTTTGTTGTTGCTGACGGTTATCTGCATCCTGCTTCAGCTGCTGGCGAATCTCGCCTTGACTCGTGGTGTTTTCACGCAACTTTTGGTGAGTTTGCGCTAACTCTTGCT > NC_000913/412977‑413268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |