| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,425,744 | Δ1 bp | 5.8% | pseudogene (115/453 nt) | ydaY → | pseudogene, Rac prophage;Phage or Prophage Related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,425,744 | 0 | G | . | 5.8% | 233.7 / 7.2 | 69 | pseudogene (115/453 nt) | ydaY | pseudogene, Rac prophage;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/32); new base . (2/2); total (35/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATTGTTCTGTCTGGCCTGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTGGAATATACGGCAGAACGAGGGATCGCGCTGCTTAAG > NC_000913/1425598‑1425884 | cATTGTTCTGTCTGGCCTGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAg > 1:1347/1‑149 (MQ=255) aTTGTTCTGGCTGGCCTGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAgg < 5:128955/149‑1 (MQ=255) tGTTCTGTCTGGCCTGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTg > 8:168325/1‑149 (MQ=255) gtctgGCCTGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCt > 7:17374/1‑149 (MQ=255) gCCTGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAg < 5:173499/135‑1 (MQ=255) gCCTGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAg > 6:173499/1‑135 (MQ=255) ccTGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTtgat > 8:156266/1‑149 (MQ=255) cTGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTtgat > 1:102174/1‑148 (MQ=255) tGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTtgatga > 7:249137/1‑149 (MQ=255) aCGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCTAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGAtt > 8:315656/1‑149 (MQ=255) aCGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGAtt < 1:16830/149‑1 (MQ=255) aGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATAAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATTGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAATGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCAt < 6:278197/149‑1 (MQ=255) gAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCCCATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGa > 5:192305/1‑148 (MQ=255) gcGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGcc > 5:100558/1‑149 (MQ=255) gcGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGcc > 1:67409/1‑149 (MQ=255) cGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGAAGATTTACTCATTGATAATGCCg > 5:213161/1‑149 (MQ=255) gATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGc < 8:186652/149‑1 (MQ=255) aCGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGt > 2:249808/1‑149 (MQ=255) cGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGtt < 7:168325/149‑1 (MQ=255) gATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTg < 2:151254/108‑1 (MQ=255) gATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTg > 1:151254/1‑108 (MQ=255) aGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATct < 2:329333/148‑1 (MQ=255) aGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATct < 2:82313/148‑1 (MQ=255) tATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATctgct > 8:93130/1‑149 (MQ=255) aTCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATctgct > 3:213408/1‑148 (MQ=255) 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tAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTTGAAAGGGGtt > 5:164765/1‑149 (MQ=255) aTCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTgg < 4:213408/149‑1 (MQ=255) tCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGt < 6:192305/149‑1 (MQ=255) gTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTAGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGTTGGATTCTGGTGATGATTTACTCATTGATAATTCAGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGaa > 3:11076/1‑149 (MQ=255) tCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAAc > 4:139609/1‑149 (MQ=255) cacaTTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGt < 6:52644/149‑1 (MQ=255) caTTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGtt > 2:122219/1‑148 (MQ=255) ttGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAAt < 7:156266/149‑1 (MQ=255) ttGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAAt > 8:310295/1‑149 (MQ=255) gagaCAATGGATGCCAGTGTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGGTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGAGTTACTCATTGATACTGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATg < 5:59017/148‑1 (MQ=255) gagaAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCTAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATg < 7:315656/148‑1 (MQ=255) gagaAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATg < 7:93130/148‑1 (MQ=255) gagaAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATg < 2:67409/148‑1 (MQ=255) agaAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGgt < 8:226418/149‑1 (MQ=255) aaaTGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGtt < 6:164765/149‑1 (MQ=255) aTGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGa < 2:1347/149‑1 (MQ=255) aTGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGtt < 1:249808/149‑1 (MQ=255) ccAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCa < 4:23487/149‑1 (MQ=255) gTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTg < 8:249137/149‑1 (MQ=255) gCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTGGaa > 4:5534/1‑148 (MQ=255) cACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTGGAat < 6:100558/148‑1 (MQ=255) aCGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTGGAatat < 3:139609/149‑1 (MQ=255) cGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTGGAAtata < 3:5534/149‑1 (MQ=255) tCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTTGTTAATGTTGTTGAGGTTGCACTGGAATATACg > 6:312774/1‑149 (MQ=255) gAAGGAGTTTGATATTTCATAGGTTTC‑‑AGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGa < 1:258499/121‑1 (MQ=255) gAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTC‑‑AGGTGTATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTTGTGAACTGGTTAATGGTGTTGa > 2:253961/1‑121 (MQ=255) 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tatTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTGGAATATACGGCAGAACTAGGGATCgcgc > 5:120120/1‑149 (MQ=255) ttCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTGGAATATACGGCAGAACGAGGGATCGCgctgc > 4:118109/1‑149 (MQ=255) cAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTCATGATTTACTCAATGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGTTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTGGAATATACGGCAGAACGAGGGATCGCgctgat > 5:83345/1‑146 (MQ=255) aaaGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTGGAATATACGGCAGAACGAGGGATCGCGCTGCtt < 1:122219/148‑1 (MQ=255) aaaGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTAGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGTAAAGGGGTTGTTGAACTCGTTAATCGTCTTGAGGTTGCACTGGAATATACGGCAGAACGAGGGATCGCGCTGCtt > 5:92510/1‑148 (MQ=255) tttCCGAGGTTGATTCTGTTGATGATTTAATCATTGATAATTCAGCTCGTTATCTGCTGAATGACTGTAAAGGGTTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGATGTTGAACTTGAATATACTGCAGAAAGAGGGATCGAGCTTATTAAg > 5:266974/1‑146 (MQ=255) | CATTGTTCTGTCTGGCCTGACGGATGAGCAGAAGCAGCGATAACGATCAGTATCGCTCCCGTAATGCATTAATCCGTCGCCACATTGAGAAAATGGATGCCAGTTTGCACGTCGGAACGAAGGAGTTTGATATTTCAAAGGTTTCCGAGGTGGATTCTGTTGATGATTTACTCATTGATAATGCCGCTCGTTATCTGCTGAAAGACTGGAAAGGGGTTGGTGAACTGGTTAATGGTGTTGAGGTTGCACTGGAATATACGGCAGAACGAGGGATCGCGCTGCTTAAG > NC_000913/1425598‑1425884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |