| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1570598 = | 112 (1.260) | 5 (0.060) +CCGTTACCGTTAAAC |
5/236 | NT | 4.7% | intergenic (‑109/+47) | gadC/gadB | glutamate:gamma‑aminobutyric acid antiporter/glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
| ? | NC_000913 | 3666176 = | 115 (1.300) | intergenic (‑366/+4) | gadX/gadA | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator/glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGACACATAATGCGCATCAC > NC_000913/3666028‑3666323 | aatgttaTCTCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGAAAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttatg < 7:166844/143‑1 (MQ=255)aaGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttatg < 1:296277/149‑1 (MQ=255) gttAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATAAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttatgtt < 6:263623/147‑1 (MQ=255) 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ccAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTggg > 2:327155/1‑115 (MQ=255) ccAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGata > 1:134589/1‑149 (MQ=255) ccAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGata < 2:152677/149‑1 (MQ=255) cAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGatat < 6:365586/149‑1 (MQ=255) atatatTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATAttt < 6:56261/149‑1 (MQ=255) atatatTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATAttt < 6:61810/149‑1 (MQ=255) tatatTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTc < 4:42319/149‑1 (MQ=255) tatatTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTc < 8:76676/149‑1 (MQ=255) tttaaacatacctgataacgtttaacggtaacggtgtcccgaaacgggttcgtttcgggacaccgttaccgttaaacGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATAttt > 4:232085‑M2/78‑147 (MQ=255) tattatTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCa < 5:338536/148‑1 (MQ=255) ttattGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAgg < 8:171781/148‑1 (MQ=255) 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ttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCa < 7:330911/148‑1 (MQ=255) tAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCAtt > 5:181525/1‑149 (MQ=255) aaaGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCAttt > 5:161573/1‑149 (MQ=255) aaaGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCAttt > 5:143683/1‑149 (MQ=255) aaGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCAttt < 5:84116/148‑1 (MQ=255) aaGGCTGGGCATTAGGTTTTTACAACTTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGTTCAATACCAGGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTACAGAAACAGTTCAGCAAAGTCAAtt > 3:184532/1‑147 (MQ=17) aGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCg < 6:143683/149‑1 (MQ=255) gCTTGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTTAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTAAGGTAGGCTTTGTAGTCTTCCAGAAACAGTTCAGCAAAGTCAATTTCg > 3:11571/1‑147 (MQ=17) tGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTATGCTGGGCAATACACTGCAGTTTCTGGTGATCGATGAGATATTTCAGGGAGTCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGc > 6:288002/1‑149 (MQ=17) ggCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCcg > 8:203138/1‑149 (MQ=255) cGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGcgacga > 6:171015/1‑149 (MQ=255) ggTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGcgacga > 1:392777/1‑148 (MQ=255) gTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGaca < 7:306180/149‑1 (MQ=255) gTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGaca < 7:346379/149‑1 (MQ=255) ttttACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGacac < 8:255425/148‑1 (MQ=255) aCAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGACACATaa < 6:83250/148‑1 (MQ=255) cGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGACACATAATgcg > 4:228384/1‑148 (MQ=39) gttatCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGACACATAATGCGCATcac > 5:162876/1‑148 (MQ=34) | AAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTT‑TTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATTTCGAAGCCGCGACGACACATAATGCGCATCAC > NC_000913/3666028‑3666323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |