New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3136627 | 119 (1.070) | 12 (0.120) | 11/264 | 12.3 | 10.2% | intergenic (‑256/+36) | pitB/gss | phosphate transporter/glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
? | NC_000913 | = 3136632 | 104 (1.040) | intergenic (‑261/+31) | pitB/gss | phosphate transporter/glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCTGAA > NC_000913/3136484‑3136781 | gtATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCa < 1:741666/150‑1 (MQ=255) cAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAAt < 2:1180659/150‑1 (MQ=255) cAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAAt < 2:788408/150‑1 (MQ=255) aGACAATAAGCAATCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATAATCACATATGAAATGAATAAAGATTGGTATATATAAATATTGAATATATTCATAGATACACGTACGGAACAGTTTTCATAATc > 2:53573/1‑150 (MQ=255) gACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGTAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTTATTATTCTTCATAATCa > 1:537156/1‑150 (MQ=255) cttggCATTTATGCAATAGCTTTCGACATTATCAATATACTGGTATTCCACAGGATAATATAATCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATCTTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTAc < 2:906929/146‑1 (MQ=255) aTAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTAc > 1:109399/1‑150 (MQ=255) aaGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACgg > 4:239625/1‑150 (MQ=255) aGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACggg < 2:4718/150‑1 (MQ=255) attcattnAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGtt < 2:969719/150‑1 (MQ=255) attcattcAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGtt > 2:109591/1‑150 (MQ=255) attcattcAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGtt > 1:269552/1‑150 (MQ=255) attcattcAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGtt < 3:104603/150‑1 (MQ=255) attcattcAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGtt < 1:1150111/150‑1 (MQ=255) ttcattcaAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTg > 2:141192/1‑150 (MQ=255) ttcattcaAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTg > 2:300421/1‑150 (MQ=255) ttcaAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTAATGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTac > 1:703472/1‑150 (MQ=255) caAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTacaa < 2:475341/150‑1 (MQ=255) 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cTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTa > 1:123157/1‑150 (MQ=255) tgtAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTTGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATAGAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTAt < 2:1242111/148‑1 (MQ=255) tAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTa > 3:19505/1‑150 (MQ=255) aGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTAc > 4:265610/1‑150 (MQ=255) aGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTAc < 4:335453/150‑1 (MQ=255) aaaTAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATACATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGAATGCTCCAACCTGTATTACtt > 2:256053/1‑150 (MQ=255) aaaTAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACtt > 1:427446/1‑150 (MQ=255) aataatCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACttt < 2:842109/150‑1 (MQ=255) atCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTca > 4:524089/1‑150 (MQ=255) atCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTca > 2:1068794/1‑150 (MQ=255) 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tGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGt > 2:474889/1‑150 (MQ=255) gATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTa > 2:872017/1‑150 (MQ=255) gATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTa < 1:574349/150‑1 (MQ=255) gATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTa < 1:575417/150‑1 (MQ=255) gATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTa < 2:56569/150‑1 (MQ=255) gATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTa < 1:277942/150‑1 (MQ=255) ttattCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACa > 2:509535/1‑150 (MQ=255) tattCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTTTTTACTTGTTATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGCACAt > 4:273785/1‑150 (MQ=255) ttcttcATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATAc < 1:571423/150‑1 (MQ=255) cttcATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCt > 1:2594/1‑150 (MQ=255) cATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCNACCGTAGTTGCCNCCAACGGTGAAGGTACATACCTGaa < 1:1050853/150‑1 (MQ=255) cATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCTGaa > 2:875031/1‑150 (MQ=255) | GTATCAGACAATAAGCATTCATTCAAAACCTTTAGAAATAATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCTGAA > NC_000913/3136484‑3136781 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |