| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,625,313 | T→C | 6.7% | intergenic (+22/+22) | ydeJ → / ← dcp | inactive PncC family protein/dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,625,313 | 0 | T | C | 6.7% | 231.4 / 5.4 | 75 | intergenic (+22/+22) | ydeJ/dcp | inactive PncC family protein/dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/32); new base C (3/2); total (41/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
GTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGAAAACGCAG > NC_000913/1625168‑1625460 | gTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATAtc‑tc < 1:265195/147‑1 (MQ=255)gTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCa < 8:107663/148‑1 (MQ=255)gTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCa < 7:128359/148‑1 (MQ=255)gTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAg > 5:34910/1‑149 (MQ=255) tttGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAgg > 6:130043/1‑149 (MQ=255) tGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATTTC‑TCAGgccagc > 8:327733/1‑148 (MQ=255) tGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGgccagc > 5:279902/1‑148 (MQ=255) gCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCAt < 6:34910/149‑1 (MQ=255) cATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGTTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCAtt < 1:81767/149‑1 (MQ=255) atatTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtg > 4:92610/1‑149 (MQ=255) tatTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtgg < 5:130043/149‑1 (MQ=255) atTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtggt > 3:316674/1‑149 (MQ=255) atTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtggt < 1:317051/149‑1 (MQ=255) ttAATGGCCAGAAGTTAACTGCGGTTATTCATTTTGCTGGGGAGTGCGATACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGGTGCTGCAATTTCTGGTATATCCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TGAGGCCAGCCATtggtg < 4:316674/149‑1 (MQ=255) ttAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtggtg > 4:303629/1‑149 (MQ=255) tAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGCTATC‑TCAGGCCAGCCATtggtgg > 6:239488/1‑149 (MQ=255) tAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCT‑GAGATATCGCCAGgccagcctggt > 3:149574/1‑141 (MQ=255) tAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCT‑GAGATATCGCCAGgccagcctggt < 4:149574/145‑5 (MQ=255) aaaGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtggtgg < 8:323772/148‑1 (MQ=255) agcccAGAACTACACTGCGGCTATGCATTTCGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTCAGGGCAGCCCCCGCCCAGCCGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGgtgt < 6:279902/146‑1 (MQ=255) gCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGtt > 8:327112/1‑148 (MQ=255) gCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCT‑GAGATATCGCCAGgccagcct > 5:163284/1‑136 (MQ=255) gCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCT‑GAGATATCGCCAGgccagcct < 6:163284/137‑2 (MQ=255) cAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTtat < 3:92610/149‑1 (MQ=255) gAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTatat < 7:327112/149‑1 (MQ=255) aaCTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTAtgtg > 1:89974/1‑149 (MQ=255) cTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGgtgt > 6:362703/1‑140 (MQ=255) cTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGgtgt < 5:362703/140‑1 (MQ=255) cacTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTc < 8:33000/147‑1 (MQ=255) tGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTGTGCCCTCGACCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCGGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGc > 5:253999/1‑148 (MQ=255) ttATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGgcc < 8:262521/114‑1 (MQ=255) ttATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGgcc > 7:262521/1‑114 (MQ=255) ttATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtggtg > 5:98203/1‑125 (MQ=255) ttATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATtggtg < 6:98203/125‑1 (MQ=255) aTTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTg > 5:195080/1‑147 (MQ=255) aTTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTg > 7:133034/1‑147 (MQ=255) aTTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTg > 5:277167/1‑147 (MQ=255) cTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCg > 3:226455/1‑149 (MQ=255) tGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCgg > 2:137960/1‑149 (MQ=255) aCTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATaa > 6:275683/1‑149 (MQ=255) cGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCtt < 4:192980/149‑1 (MQ=255) cGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCAAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCTGCATAATCt > 6:333738/1‑148 (MQ=255) gAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGGTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGGTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTa < 2:60956/149‑1 (MQ=255) aaCGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAgg < 4:226455/149‑1 (MQ=255) gTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGcc > 3:289625/1‑149 (MQ=255) 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cGGGGAGGGTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCGATAACCAGGCGGGCCGGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATTTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCAtt < 6:253999/149‑1 (MQ=255) gTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGt > 1:14969/1‑149 (MQ=255) gTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAAACTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGt > 2:150706/1‑149 (MQ=255) ggTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGAt < 5:333738/149‑1 (MQ=255) gTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATa < 6:277167/149‑1 (MQ=255) 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aaCCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCgg < 6:303148/78‑1 (MQ=255) caatggCTGGCCT‑GAGATATCGCCAGGCCAGCCTTTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAg > 8:173374/5‑149 (MQ=255) ggCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATc > 4:79278/1‑149 (MQ=255) tggcGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTcgc > 4:233807/1‑148 (MQ=255) gcGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGa > 3:317701/1‑148 (MQ=255) c‑tcAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGAAAACGCAg > 6:61164/1‑149 (MQ=255) tcAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTcg < 3:1276/137‑1 (MQ=255) tcAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTcg > 4:1276/1‑137 (MQ=255) | GTTTGCGTGGCATATTAAAGGCCAGAACTACACTGCGGTTATGCATTTTGCTGGCGACTGCGAAACGGTATTAGCTTTAGCGGTGAGGTTTGCCCTCGCCCAGCTGCTGCAATTACTGCTATAACCAGGCTGGCCTGGCGATATC‑TCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGATACAGGCGTTCCAGATCTTCGCTGTTACCTCTGGAAAGGATCGCCTCGCGAAAACGCAG > NC_000913/1625168‑1625460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |