| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,996 | G→T | 18.5% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 18.5% | 80.6 / 3.1 | 45 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/15); new base T (5/4); total (26/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560850‑2561144 | ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 3:119884/149‑1 (MQ=255)ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGt > 1:374244/1‑148 (MQ=255) aGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGaa > 7:6072/1‑149 (MQ=255) tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATGGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg > 7:169012/1‑149 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 2:183965/148‑1 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa > 1:258175/1‑147 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 2:258175/147‑1 (MQ=255) gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTCCCGTTAAGGTTGTTCAGAAGttc > 1:221422/1‑148 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 7:204480/148‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 5:352692/148‑1 (MQ=255) ttattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCGGTTAAGGTGGGTCAAAAGTAGACGt > 1:7891/1‑149 (MQ=255) cAAGCAGTACAACATGTAATATCGGTATCAGTCTGGCAATGTTACCGCCTTTTCTTTTCCTTTATTTCATGAATTCAGGTGGGTCATAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 8:325460/148‑1 (MQ=25) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa > 3:259193/1‑135 (MQ=255) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTAAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTTTGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTTTGTGAATAGTAGCAGTTTAGGt > 3:15750/1‑149 (MQ=255) aaGCCGTAAAACATGAAATAACGGAATCAGGCTGGCAATTTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 4:259193/135‑1 (MQ=255) agTACTACATTAATTAACGGACTAAGTAGTCCACTTTTCAAGCCTTTTCTTTCACTTTAATCCATGTATTCAGGTGGGTCAACATTTGCCGTTATTTTTGGGTAAAAAGTTTCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 8:169012/148‑1 (MQ=12) acaacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAATTTTGCATTTAAGGTGAGTCAAAATTTGAAGTGAaggaggctga > 1:370674/1‑144 (MQ=255) aacaTGAAATAACGGAATCCGCCGGGCAATCTTCCCGCCTTTTCTATTCCATAATTGCATGAAATCAGGTGGGTCAAAATATGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 6:126021/149‑1 (MQ=25) aTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGTGGGTCAAAAGTTTGCGTTAAGGTGGGGCAAAAGtt > 7:206901/1‑149 (MQ=255) gCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCATATGTTGCCGTTTAGGGGTGTCAAAAGTTTGAGAGTAGGGGGGTCGGAAGTTGCCTAGTAAGAAATctag > 3:236150/1‑148 (MQ=25) aaTCTTCCCGCCTTATCTTTGCCTGAATTCCAGGAATTCAGGGGGGTCAAAAGTCGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa < 8:376331/149‑1 (MQ=37) ttCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGCTCAATATTTGAAGATAACGGGGGGGTAATTTTGAAGAGTAAGAATTGTAAAATTAAGAAt > 8:69045/1‑149 (MQ=18) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 3:105116/86‑1 (MQ=255) cGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGACTTGAAGGTGGGTCAAAATTTTAATTGTAAGAATTCTACTATTAATAAATc > 5:275380/1‑147 (MQ=25) cGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGTGGCTCAAAAGTTGACGAGAAAGAATTCTAATATTAAGATTTc > 8:67836/1‑147 (MQ=38) cGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGATGGGAAAAAGTTGCAGTATAGGAAGGGAAAAAGTTGCCGTTTAAGAATGGGAGTATTAAGAAttgt > 8:100438/1‑146 (MQ=19) agCCTTTTCTTTTCCTTAAATACATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCCTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTa < 7:189378/148‑1 (MQ=37) gCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATTTTGCCTTTAAGGTGTGTCAAAAGTTGAAGTTAAGGTGTGTGAAAAGTTGACGAGTAAGCAATCTCAAAATAAGAATTCTAg > 7:286064/1‑149 (MQ=25) aataaaTGAATTCCGGGGGGCCAAAAGGAGCCGTTAGTGGGGGGTCAAAACCAGCAGTTAAGGGGGGTCAAAAGTTCCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTACGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTa < 5:89924/144‑1 (MQ=37) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt > 8:224320/1‑60 (MQ=255) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 7:224320/60‑1 (MQ=255) aaTTCCGGGGGGTCAACCGGGGCCGTTAGTGGGGGGTCAAAAGCGGCCGTGAAGGGGGGGCAAACGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTCAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTccc < 7:112692/148‑1 (MQ=255) ctattgctGCCGTTTTTGCTGGGTCAAAAGGTGCCTTTTCTTTGGGTCAAATGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 6:275380/141‑1 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTTCAGTTAAGGTGGGGGAAAAGTTGAAGACTAAGACTTCTACGATTAAGAATTCTAGGCGCCGGGAGTTTTTTATCCTACCGGGCGGTCATa > 2:117297/1‑146 (MQ=255) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCAGAGTAAGAATTCTACAATTAAGAATTCTAGGCTACGGGAGTTTTTTAGCATCACGGACGGTCATAGAGAGTCGCCTagag > 8:54602/1‑149 (MQ=37) ggcggctCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa < 7:69045/143‑1 (MQ=255) ggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTATCATCACGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 4:366895/1‑148 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 5:138904/1‑146 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 6:370961/1‑146 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGCTCATAGAGAGTCGCCGAGAGGTTAACag > 8:393875/1‑146 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCAGAGTAAGAATTCGACTATTTAGAATTCTAGTCGACGGGAGATTTTTAGCCTCCCGGTCGGTAAAAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaagca > 6:316594/1‑147 (MQ=37) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAat > 7:328589/1‑149 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGAGACGGGAGTTTATTAGCCTCCCGGTAGGTCATAGAGAGTCGCCTAGACTTAAACAGAAGAat > 6:287773/1‑148 (MQ=255) gCCTTTTAGTTGGGTCAAATGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTAttt < 2:374244/148‑1 (MQ=255) ccGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcg < 5:189687/149‑1 (MQ=255) gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga > 4:232497/1‑125 (MQ=255) gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 3:232497/125‑1 (MQ=255) gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgcc > 7:2905/1‑149 (MQ=255) | GGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560850‑2561144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |