| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1299499 = | NA (NA) | 42 (1.180) | 38/236 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1300694 = | 0 (0.000) | intergenic (+1449/‑488) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTC > NC_000913/1300570‑1300841 | gtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAat > 2:143316‑M2/125‑148 (MQ=255) acggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAattatt < 4:70155‑M2/28‑1 (MQ=255) tgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaataata < 8:56237‑M2/10‑1 (MQ=255) tgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaataata > 7:56237‑M2/109‑118 (MQ=255) aattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg < 1:15444‑M2/45‑1 (MQ=255) aattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg < 3:153558‑M2/44‑1 (MQ=255) attcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcataccagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa < 4:137328‑M2/47‑1 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAAtt < 1:185752‑M2/17‑1 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAAtt > 2:185752‑M2/99‑115 (MQ=255) taagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt < 4:125437‑M2/64‑1 (MQ=255) agttgatgactcatgatgacccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa > 8:107076‑M2/83‑149 (MQ=255) gatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 1:2670‑M2/79‑116 (MQ=255) gatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa < 2:2670‑M2/38‑1 (MQ=255) tcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTaaa < 6:67639‑M2/23‑1 (MQ=255) tcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTaaa > 5:67639‑M2/73‑95 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAt > 2:117442‑M2/63‑149 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg < 7:75820‑M2/66‑1 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg > 8:75820‑M2/62‑127 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAtt > 4:166198‑M2/62‑149 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac > 5:173071‑M2/60‑101 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac < 6:173071‑M2/42‑1 (MQ=255) tatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgattg > 8:114463‑M2/55‑148 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaat > 7:5458‑M2/53‑149 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtg > 1:184469‑M2/44‑149 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtt > 7:163939‑M2/42‑149 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgttt < 2:184469‑M2/109‑1 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgtttgtt > 7:89028‑M2/36‑147 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTATGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGa > 1:117732‑M2/33‑95 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTATGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGa < 2:117732‑M2/63‑1 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgt < 6:185833‑M2/107‑1 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAtgt > 5:185833‑M2/31‑137 (MQ=255) atatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCAt < 8:163939‑M2/119‑1 (MQ=255) atatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGAt < 8:89028‑M2/123‑1 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac < 7:164236‑M2/42‑1 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac > 8:164236‑M2/25‑66 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATg > 2:195422‑M2/25‑148 (MQ=255) cagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGc > 3:158597‑M2/23‑147 (MQ=255) agggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAg < 7:114463‑M2/128‑1 (MQ=255) gggactagttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGc > 4:7956‑M2/21‑149 (MQ=255) gacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCta < 4:158597‑M2/131‑1 (MQ=255) gacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCta < 1:143316‑M2/131‑1 (MQ=255) ttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCta > 8:28496‑M2/16‑146 (MQ=255) cgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTc < 1:117442‑M2/138‑1 (MQ=255) ccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATa > 1:138470‑M2/7‑149 (MQ=255) cCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTATGATACGGt > 7:118001‑M2/2‑148 (MQ=255) cTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTc > 6:37489/1‑148 (MQ=255) | TGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTC > NC_000913/1300570‑1300841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |