Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 908,975 | G→T | 6.9% | A107D (GCC→GAC) | ltaE ← | L‑allo‑threonine aldolase, PLP‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 908,975 | 0 | G | T | 6.9% | 207.0 / 3.1 | 67 | A107D (GCC→GAC) | ltaE | L‑allo‑threonine aldolase, PLP‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/37); new base T (2/3); total (27/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
GGTAAATTCCCATGCTTCTTTCAGGTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCCGCGTTCGCAGTGACTGAGCAGAGCGACCAGGTTGGCCTGAG > NC_000913/908827‑909119 | ggTAAATTCCCATGCTTCTTTCAGGTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCgg < 1:369895/149‑1 (MQ=255) aTTCCCATGCTTCATTCAGGTATTCCCGCGGCAACACATTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATGTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGcc < 1:300843/149‑1 (MQ=255) aTTCCCATGCGTCTATCAGGTATACCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGCTTTCCAGACTGTGTATTTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGcc < 1:233953/149‑1 (MQ=255) ccATGCTTCTTTCAGGTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGt < 6:285126/149‑1 (MQ=255) tGCTTCTTTCAGGTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTa < 2:12042/149‑1 (MQ=255) gCTTCTTTCAGGTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGTCAGCCGCGTCTAt > 7:376229/1‑149 (MQ=255) cttcttTCAGGTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTAt < 2:240260/148‑1 (MQ=255) tCAGGTTTTCGCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATTTCGTCGGGGTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTg < 5:255091/148‑1 (MQ=255) aGGTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCgg < 4:202041/149‑1 (MQ=255) aGGTATTCCCGAGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGTTATCGTCGGGTTTGATTTTCATAGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCgg > 1:294237/1‑149 (MQ=255) ggTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACCTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGt < 8:9743/149‑1 (MQ=255) gTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCTTCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGtt > 1:242623/1‑149 (MQ=255) gTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGtt < 8:32383/149‑1 (MQ=255) gTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGtt < 8:1603/149‑1 (MQ=255) gTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGtt < 2:298247/149‑1 (MQ=255) ttCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGa < 2:110921/148‑1 (MQ=255) ttCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACAGAGTAATTTGGTGTGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTGTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGaa < 5:336419/149‑1 (MQ=255) ccGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCcgc < 8:41484/126‑1 (MQ=255) ccGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCcgc > 7:41484/1‑126 (MQ=255) ccGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATAc > 1:325439/1‑149 (MQ=255) ccGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATAc > 7:219668/1‑149 (MQ=255) ccGAGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTAATCGCCACTTTTTAAAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCATCCGCGTCTATGTGTTGCGGATGAATAc > 8:268621/1‑149 (MQ=255) cgcgGCAACACTTTGCCGGTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACt < 1:152927/149‑1 (MQ=255) cgGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGc < 8:97062/149‑1 (MQ=255) cgGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGc < 4:312044/149‑1 (MQ=255) 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aCTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGa > 6:359069/1‑148 (MQ=255) cTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATa < 5:51337/149‑1 (MQ=255) cTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTGTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATa < 5:359069/149‑1 (MQ=255) tGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTTCCGTCTGCAACCGCGTCTATGGGTTTAGGTTGAATAATGCACAGCACCGACGCTCAACCGGCTTCAAACAGAAAg > 3:93036/1‑149 (MQ=255) gAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGt > 3:267025/1‑149 (MQ=255) aTTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATgc < 6:102825/149‑1 (MQ=255) gTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGc < 1:33807/149‑1 (MQ=255) cGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCt < 3:159481/148‑1 (MQ=255) ggCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGTCAGCCGCGTCTATGGGTTGCTGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACAGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGACTGAc < 8:376229/149‑1 (MQ=255) ggCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGAc < 2:242623/149‑1 (MQ=255) ggCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGAc < 8:219668/149‑1 (MQ=255) gCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGAcc > 3:314795/1‑149 (MQ=255) gAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGa > 2:70207/1‑149 (MQ=255) gAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGa < 8:220175/149‑1 (MQ=255) gtcgGGCTTGATTATCATCGCCACTTTCTCCAGCGGTAGCGTGCCGCCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCtt < 2:200241/149‑1 (MQ=255) tcgGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCCGCACCGCCGCGCCCCCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTc > 4:224797/1‑149 (MQ=255) tGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCcgcg < 5:284592/148‑1 (MQ=255) tGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCcgcg < 8:113846/148‑1 (MQ=255) tGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCCGCGt > 2:27934/1‑149 (MQ=255) agcGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCCGCGTTCGCAGt < 6:196291/146‑1 (MQ=255) aTCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCCGCGTTCGCAGt < 5:319745/148‑1 (MQ=255) gCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCCGCGTTCGCAGTGACt > 2:184439/1‑149 (MQ=255) ccACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGTCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATAct < 8:126984/126‑1 (MQ=255) ccACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGTCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATAct > 7:126984/1‑126 (MQ=255) aCTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCCGCGTTCGCAGTGACTGAg < 1:27934/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCCGCGTTCGCAGTGACTGAGCAGAGCg > 8:57818/1‑149 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GGTAAATTCCCATGCTTCTTTCAGGTATTCCCGCGGCAACACTTTGCCGTTGTGGGTGTTTTCCAGACTGAGTAATTTGGTGCGGGCGAAATGGATATCGTCGGGTTTGATTTTCATCGCCACTTTATCCAGCGGTAGCGTGCCGTCGGCAGCCGCGTCTATGGGTTGCGGTTGAATACTGCCCAGCACCGCCGCGCCACCGGCTTCAAACAGATAGTTATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCCGCGTTCGCAGTGACTGAGCAGAGCGACCAGGTTGGCCTGAG > NC_000913/908827‑909119 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |