| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,985 | C→A | 18.5% | intergenic (+87/‑383) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,985 | 0 | C | A | 18.5% | 86.0 / 3.2 | 45 | intergenic (+87/‑383) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/15); new base A (2/7); total (23/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAG > NC_000913/2560842‑2561129 | gCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaa > 8:291883/1‑146 (MQ=255) gAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 7:291883/148‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGTg > 2:266590/1‑148 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGTGTCAAAAGATGACTTTAAGGt > 4:53628/1‑146 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCAGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGCTCAAATGTTGCCTTTTAGGTggg > 5:98070/1‑148 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCACGCGGGCAATGTTCCCGCCTTATGTTTGCCTAAATTCAATGAATACAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTACCCGTTaacgatcg > 7:102910/1‑142 (MQ=255) ccAGGTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 4:154086/147‑1 (MQ=255) aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 3:309971/148‑1 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGtt < 4:304367/124‑1 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGtt > 3:304367/1‑124 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaa < 8:256977/118‑1 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaa > 7:256977/1‑118 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc > 4:132136/1‑148 (MQ=255) attgatgCCGTACTACTTTAAATTTCGGTCTCAGGCGTTCATTGTTCATGGCTTTTGTTTTCCTTATTTCCATGAATTCAGGTGGGTCTTCATTTGCCGTTATAGGTGGGTATATAGTTTCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGt < 2:354743/141‑1 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGACAAAAGTTGAAGTTAATGTGGGTCAGAAGTTgactgg > 4:19630/1‑143 (MQ=255) ttCAAGCCGTATAACATGAAATATCGGCATAAGGCGTGCACTGTTCACGCATTTTCTTTTCCTTTATTCAATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 1:276089/148‑1 (MQ=25) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 6:8304/147‑1 (MQ=255) aGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTAAAAAGTTGACTTTAAGGAGGGTCAATATTTTCCGTTAAGGt > 3:328146/1‑148 (MQ=255) aGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGAAGGt > 3:227894/1‑148 (MQ=255) gCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 7:77881/148‑1 (MQ=255) ccGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTAAAGGTGGGTAAAAACTTGCCGTTACGgggg > 3:192451/1‑148 (MQ=39) cGTATAACATTAAATAACGTCATCAGTCGGGCATTTTTCCAGCATTTTGTTTTCCTTTATTGCATGTATTCAGTTGGGTTAAAAGTTCCCTTTAGCGGTGGGTCAATAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 6:365511/148‑1 (MQ=19) caTGAATTAACCGAATCAGGCGTGCAATGTTCACTCCTTTGCTCTGCCTTAATTTAATGAATTCTGTGTGGTAAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg < 3:19630/148‑1 (MQ=21) aaCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 2:249134/115‑1 (MQ=255) aaCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa > 1:249134/1‑115 (MQ=255) tCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAATTTTGCATTTTAGGAGTGTCAAAAGATGCGTTTAACGTGGGGGAAGAGATGACGAGTAAGatg > 4:338216/1‑146 (MQ=255) gCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGTACAAATGTTTCAGAGAAAGAATACTAGAATAAAGAAATc > 3:301040/1‑146 (MQ=25) gCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGGGTCTAAATTTGACGAGTAAGTATTCTACTATTAAGAAtaa > 7:109482/1‑144 (MQ=37) tggcTTATTCCCATGAATTCAGGTGGGCAATTAGTAGCCGTTATTGGTGGGTAAAATGTTGCCTTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACggg < 3:338216/144‑1 (MQ=25) aTTCCATGAATTCAGGTGGGAAAAAAGCTGCCGTTAGTGTGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttttt < 1:266590/148‑1 (MQ=37) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGACAAAAGTAGCCGTTAATGTGTGTCAAAAGTTGCCGAGGAAGCATTCTTAAATTTAGAAATATAGGCGAAGGGAGTTTTTTAGccac > 5:313372/1‑146 (MQ=21) ttCCGGTTGGTCAAAAGTTGCCTTTACGGGTGGGCAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcgg < 1:386363/148‑1 (MQ=37) ttggTCAAAAGTTGCCCTTAGGGGGGGCTAAATAGTTGCCGTTACGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCggtcggtc < 5:194150/146‑1 (MQ=37) gaaaCTTCCCGTTAGAGCTGGGACAAAAGTTCCCGCTACGGGGGGTCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagag < 1:322046/147‑1 (MQ=37) gttcttggtggGTCAAAAGTTGCCGTAAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGACTTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 5:322922/143‑1 (MQ=255) cttATTGGTGGGTAACATGTTGCCGTTACTGTTGGTCAAACGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 5:341545/147‑1 (MQ=38) ttcgtggtgGGTCAAAAGCTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 1:191696/145‑1 (MQ=255) tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGGGAAAAGTTGACGAGTAAGAAGTCGGCTATTAATAATTCTAGGCGACGGGACTTTATAATCCTCGAGGGCTGACATAGAGAGTCGGATagag > 6:323935/1‑148 (MQ=19) tggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCGTAGAGtt > 8:169890/1‑147 (MQ=255) tggGTCAAAAGTTGCCTTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 5:329270/140‑1 (MQ=255) ggggTAAATAGCTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAAc < 7:255844/147‑1 (MQ=39) gggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 7:336735/1‑146 (MQ=255) gggTCAAAAGTTGCCGATAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAAGTGGGAGAAAAGTTGGAGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGTCGTATTTTAGACTCCCGGGAGATCATAGAGAGTCGCCTaga > 6:329270/1‑140 (MQ=25) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTTAACag > 1:229454/1‑147 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGAGTAAGAAGTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCATACCGGTCGGTCATAGAGAGTCGAATAGAGTGAAACag > 4:360061/1‑147 (MQ=37) | GCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAG > NC_000913/2560842‑2561129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |