Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,570,611 | G→A | 10.7% | intergenic (‑122/+34) | gadC ← / ← gadB | glutamate:gamma‑aminobutyric acid antiporter/glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,570,611 | 0 | G | A | 10.7% | 214.0 / 11.6 | 75 | intergenic (‑122/+34) | gadC/gadB | glutamate:gamma‑aminobutyric acid antiporter/glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/35); new base A (4/4); total (36/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
CCTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTT > NC_000913/1570467‑1570742 | ccTGTCTGTACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTc < 6:112014/148‑1 (MQ=255) ctgtctgtACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGt > 4:175701/1‑149 (MQ=255) gtctgtACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTAAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCTAAACGGGTTCGtt > 1:299664/1‑148 (MQ=255) tctgtACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGtt < 7:21916/147‑1 (MQ=255) tctgtACTGATGTAGCCATATCATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTc < 1:105905/149‑1 (MQ=255) tACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGAACCCGTTTCgg > 6:302965/1‑147 (MQ=255) tACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGAACCCGTTTCgg < 5:302965/147‑1 (MQ=255) tACTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGAACCCGTTTCgg < 2:181221/147‑1 (MQ=255) cTGATGTAGCCATATTATCCCCCTAAAACGGTATTCCTGTCGGAACCGCACCTGTTTTGTTCTGAAGCGTATTCAGAACAATATTTTCCGTTGCTAATGCCAGTGAACAGACTTTGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGaca < 2:13953/149‑1 (MQ=255) 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tGGAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCaa > 4:237530/1‑147 (MQ=255) gAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCgg < 4:279298/100‑1 (MQ=255) gAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGa > 4:132503/1‑124 (MQ=255) gAAATTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGa < 3:132503/124‑1 (MQ=255) aaaTTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGtt > 4:72063/1‑149 (MQ=255) aTTGTCCCGAAACGGGTTCGTTTCGGGACACCGTTACCGTTAAACGTTATCAGGTATGTTTAAAGCTGTTCTGTTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGtt > 1:96213/1‑147 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |