| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,996 | G→T | 16.8% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 16.8% | 160.3 / 7.1 | 75 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/31); new base T (3/11); total (33/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATT > NC_000913/2560852‑2561139 | aGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCACCCCGTACCACCTGACATAACGGAAGCAGGCGGGCAAGGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 4:190077/148‑1 (MQ=255)aGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 3:82309/148‑1 (MQ=255) gTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 8:86251/148‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAAAAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTAAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 5:110405/148‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCAAGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 8:99726/148‑1 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTAGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 8:226556/148‑1 (MQ=255) aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 3:298323/142‑1 (MQ=255) aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt > 4:298323/1‑142 (MQ=255) tACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCAATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTATGGAGGGTAAAAAGTTGCAGTTTAGGTTGGtga > 2:436721/1‑145 (MQ=255) aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 8:458790/138‑1 (MQ=255) aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg > 7:458790/1‑138 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 1:117345/131‑1 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa > 2:117345/1‑131 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGACAAAAGttt > 6:246521/1‑147 (MQ=255) ttattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGTTGTTTCAAATTTTGCCGTTAAGGTGGGTGAAAATTTGcat > 3:34797/1‑146 (MQ=255) ttCTAGCCGTACCACATGAATTCGCGGACTCAGTCGTGCATTGATTCCGCCTTTTGTTGGCCTTTATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTGAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 6:279982/148‑1 (MQ=21) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTATGGTGGGTAAAATGTTGAAGTAAAGGAGGGTCAAATGTTGcattt > 6:304529/1‑142 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:331267/126‑1 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg > 2:331267/1‑126 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAAAGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTCCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCGGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCgat > 6:343113/1‑144 (MQ=255) cAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 3:66015/147‑1 (MQ=255) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCCGGCTCGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGTATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 1:292175/148‑1 (MQ=255) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCTTGAATGAGGCTCAAAAGTTGCAGTGAAgg > 1:332096/1‑148 (MQ=255) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 5:246521/148‑1 (MQ=255) aGCCGTACAACATTAAATAACGGACTCAGTCGGGCAATTTTCCCTCCTTTTCTTTGCCTTAATTTCATGAATTCAGGTGGGTAAATAGTTGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 2:458756/148‑1 (MQ=38) gCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTCCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 4:10785/145‑1 (MQ=255) ccGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAATTTGAAGTAAaggagg > 8:395478/1‑148 (MQ=255) tACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 4:296149/118‑1 (MQ=255) tACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg > 3:296149/1‑118 (MQ=255) aacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGGAAGAGTTGGCGTGAAGGGGTGTGaaa > 1:149989/1‑148 (MQ=255) acaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAATAGTTGCCGTTAAGGGGGGTCaaaa > 7:435023/1‑148 (MQ=255) acaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGTGGGTCAAAAGTTGGCTTGAAgggggggcta > 1:425829/1‑142 (MQ=39) aaaTAACGGAATCAGGCGGGCAATCTTACCGGCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTAAAAATTCGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTAGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 1:304758/130‑1 (MQ=37) ggCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGGCGTGAAGGTGGGGCACATGTTGGCGAGTAAGAATTc > 5:318065/1‑147 (MQ=37) gCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 1:448942/97‑1 (MQ=255) gCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg > 2:448942/1‑97 (MQ=255) cGGGCATTGATCCCGCCTTACCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCCGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 7:484113/148‑1 (MQ=38) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTGTAGGTGGGTGAAAAGTTGCCGGTAAGGTGGGGCTCAAGTTGACGAGTAAGCAGTCTACGATTATGAtttg > 8:102045/1‑147 (MQ=37) cTTACTTCCATGAATTGAGTTGGGTGACAAGTTGGCGTTAGTGTGGGCTAAAAAGCTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACAATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtt < 1:461799/148‑1 (MQ=25) aatCCATGAAATCAGTGTGCTCAAAAGTAGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGATGCCGTTACGGTGGGTGAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttttt < 5:240781/146‑1 (MQ=25) aTTACATGAATTCTGCCGTGTCAAAAGAAGCCGTTAGTTTGGGCTCAAAAGGTGCCTTAACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGttttt < 5:304529/147‑1 (MQ=25) tCCCTGCATTCCGGCGGCCCAAAAGCAGCCGTTTGTGGGGGCGCACAAGCCGCCGTTACGGTGCGTCAAAAGCTGCCCTTCAGGGGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAg < 2:172875/148‑1 (MQ=255) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGATGGGCAAAAGATGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTTCCGGAAAGGTGGGTCAAATGTATAGAAGTAAAAATAATAAAATTAGGAATACTAGTAGGCGGAAGTTTTTAAg > 6:309940/1‑148 (MQ=12) tCCATGAATTCAGGTGCCTATAATGATTGCTTTAGGGGTGGGTCAATAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAg < 7:395478/148‑1 (MQ=25) tcATGAATTCTGTTGCGTATAAATTAGGCCTTATTGGTGGCTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAg < 8:123845/146‑1 (MQ=25) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGGGTCAAAATTTGCATTTTAGGAGTCTCAAAATTTTAAGTATACGTGTCTGAAATTTTGAAGAGAAAAAATTGTAAAATTAAGATTTCTAGGCCACGTGAGatttaataagt > 2:469826/1‑140 (MQ=255) aTTCAGGCGGGTCAAAACCCCGCCTTACGGGTGGGTAAAAAGCTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcg < 7:168208/148‑1 (MQ=25) tctatttGACGTTATTTGTGGGTTTAACGTTCCCTCTCAGGTGGGTTAAAAGTTGCCGTTATGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATag < 4:344548/141‑1 (MQ=255) ttGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGTCAAAATTTGCCGTTAAGGGGGGGGAAAAGTTTGAGAGTAAGAATTCGACTATTAAGAATTCTAGGCGCCGGGAGTTTTTTAGCCTGCCGGTATGTCATaga > 3:344548/1‑142 (MQ=37) gcgtttctggtggGTAAAATGAAGCCTTTAAGTTGGGTCAAATGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt < 1:274705/141‑1 (MQ=255) cctttAGTGGTGGGTCAAAAGCTGCCGTTAATGCGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt < 1:413449/145‑1 (MQ=255) ctttAGTGGTTGGTAAAAAGATGCCTTTAAGTTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt < 7:451671/145‑1 (MQ=38) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTTGCGAGTAAGATTTCTACTATTAAGAATTCTATGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc > 3:1786/1‑145 (MQ=38) ttagatgtggCTCAAAACTTGCCTTTAATTTGGGTAAAAAGTATCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 1:57949/142‑1 (MQ=255) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTa > 7:242872/1‑146 (MQ=255) tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag > 7:158279/1‑148 (MQ=255) tggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGGCGGTCATATAGAGTCTCCTAGAGtt > 5:417569/1‑147 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCTAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTa > 5:329116/1‑147 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTAATATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTa > 8:69979/1‑147 (MQ=255) gtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaa < 7:69979/147‑1 (MQ=255) tgtctaaaaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAATATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAAc < 4:1786/142‑1 (MQ=39) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 7:148787/1‑147 (MQ=255) gggTAAAAAGGTGCCGTTTAGGTGCGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTATAGTTAAAc < 1:436721/147‑1 (MQ=39) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCAt < 2:288567/123‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCAt > 1:288567/1‑123 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 3:106716/1‑147 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 3:124388/1‑70 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct < 4:124388/70‑1 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGa < 5:128457/78‑1 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGa > 6:128457/1‑78 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGTCGGGAGtttttt < 2:136205/101‑1 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttttt > 1:136205/1‑101 (MQ=255) acttggCCGTT‑AGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatt < 5:41572/143‑1 (MQ=255) ccgCCTTTATGTTGGGTCAAATCTTTCCATTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGATAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatta < 2:165496/145‑1 (MQ=255) ggcGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattatt < 5:309940/145‑1 (MQ=255) | AGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATT > NC_000913/2560852‑2561139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |