| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 755,790 | G→A | 74.8% | W77* (TGG→TGA) | sdhD → | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 755,790 | 0 | G | A | 74.8% | 166.8 / 63.7 | 99 | W77* (TGG→TGA) | sdhD | succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/13); new base A (36/38); total (48/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
CATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATG > NC_000913/755646‑755934 | catcatTTATATGGTCGGTGATTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGGc < 5:243445/146‑1 (MQ=255) tcatTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGgtg > 3:277304/1‑149 (MQ=255) atTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGtt < 3:140762/149‑1 (MQ=255) tttATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGtt > 7:125693/1‑148 (MQ=255) atatGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCAGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGAc < 1:314069/148‑1 (MQ=255) tatGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGAcc < 8:56048/148‑1 (MQ=255) tatGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGAcc > 6:293183/1‑148 (MQ=255) tGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCTAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGa < 5:278812/148‑1 (MQ=255) tGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGa < 6:342505/148‑1 (MQ=255) gTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGTGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTGTTCTATCTTCATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTa < 2:274119/149‑1 (MQ=255) tCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTAc > 4:39341/1‑149 (MQ=255) gTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGGCAGGTGTTGACCGACTACGt > 8:356430/1‑148 (MQ=255) gTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGt > 6:219085/1‑148 (MQ=255) ttttCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTaaa > 6:11199/1‑149 (MQ=255) ttCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAAcc > 4:313416/1‑149 (MQ=255) ttCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAAc < 7:169813/148‑1 (MQ=255) ccAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGt > 6:87069/1‑136 (MQ=255) ccAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGt < 5:87069/136‑1 (MQ=255) 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ctctGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACtggtgg > 2:162756/1‑149 (MQ=255) gTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACg < 5:369133/149‑1 (MQ=255) ttCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGt < 4:277304/149‑1 (MQ=255) aCCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGAt > 3:120946/1‑149 (MQ=255) aCCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATAGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGGCAGGTGTTGACCGACTCCGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGAt > 5:125569/1‑149 (MQ=255) 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ttCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGAttt > 5:328896/1‑122 (MQ=255) tATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTtgtg < 5:219981/133‑1 (MQ=255) tATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTtgtg > 6:219981/1‑133 (MQ=255) tCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGtgatg < 7:73692/148‑1 (MQ=255) cTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGACAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGtgatga > 7:139580/1‑148 (MQ=255) 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CATCATTTATATGGTCGGTTTTTTCGCTACCAGTGGCGAGCTGACATATGAAGTCTGGATCGGTTTCTTCGCCTCTGCGTTCACCAAAGTGTTCACCCTGCTGGCGCTGTTTTCTATCTTGATCCATGCCTGGATCGGCAT‑‑‑‑‑‑‑GTGGCAGGTGTTGACCGACTACGTTAAACCGCTGGCTTTGCGCCTGATGCTGCAACTGGTGATTGTCGTTGCACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATG > NC_000913/755646‑755934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |