| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 156,683 | G→A | 5.6% | G67G (GGC→GGT) | yadN ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 156,683 | 0 | G | A | 5.6% | 285.0 / 3.7 | 88 | G67G (GGC→GGT) | yadN | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/43); new base A (3/2); total (43/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACGGTGTCATTCAGTACGCCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTACCGCCGTCAACGCGGGTTTCACAGGTGTTATCAACAACCAGACCACTGATATTTAACTGACCGCCGTCCATATCAGCAGAAGCAGTACCTG > NC_000913/156535‑156831 | tGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACGGTGTCATTCAGTACg < 8:346933/149‑1 (MQ=255)tGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACGGTGTCATTCAGTACg > 1:397192/1‑149 (MQ=255) aacgTCCCTTTGCTGTTACCACAGAAAACAGACCCGAATGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTTCTTAGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGAGCCAACGGTGTCATTCAGTACGCCAGCCTCGAt < 1:113261/146‑1 (MQ=255) aaaGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACGGTGTCATTCAGTACGCCAGCATCGAt > 2:427106/1‑149 (MQ=255) aaGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACGGTGTCATTCAGTACGCCAGCATCGAtt < 7:64146/149‑1 (MQ=255) tCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACGGTGTCATTCAGTACGCCAGCATCGATTTCa < 4:118218/149‑1 (MQ=255) ccTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACGGTGTCATTCAGTACGCCAGCATCGATTTCAc < 6:70360/148‑1 (MQ=255) gCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCGGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACGGGGTCATTCAGTACGCCAGCATCGATTTCACCAACg < 6:195534/148‑1 (MQ=255) 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aTTCAGTACGCCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTACCGCCGTCAACGCGGGTTTCACAGGTGTTATCAACAACCAGACCACTGATATTTAACTGACCGCCGTCCATATCAGCAGAAg > 2:169757/1‑149 (MQ=255) aTTCAGTACGCCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTACCGCCGTCAACGCGGGTTTCACAGGTGTTATCAACAACCAGACCACTGATATTTAACTGACCGCCGTCCATATCAGCAGAAg > 1:17470/1‑149 (MQ=255) tCAGTACACCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTACCGCCGTCAACGCGGGTTTCACAGGTGTTATCAACAACCAGACCACTGATATTTAACTGACCGCCGTCCATATCAGCAGAAg > 8:171486/1‑147 (MQ=255) cAGTACGCCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTACCGCCGTCAACGCGGGTTTCACAGGTGTTATCAACAACCAGACCACTGATATTTATCTGACCGCCGTCCATATCAGCAGAAGCa < 7:419274/148‑1 (MQ=255) gTACACCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTACCGCCGt > 2:257279/1‑69 (MQ=255) gTACACCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTACCGCCGt < 1:257279/69‑1 (MQ=255) tACGCCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTACCGCCGTCAACGCGGGTTTCACAGGTGTTATCAACAACCAGACAACTTATATTTAACTGACCGCCTTCCATATAAGCAGAAGCAGTAc > 2:212864/1‑149 (MQ=255) cGCCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTAc < 3:224907/60‑1 (MQ=255) cGCCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTAc > 4:224907/1‑60 (MQ=255) gCCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTACCGCCGTCAACGCGGGTTTCACAGGTGTTATCAACAACCAGACCACTGATATTTAACTGACCGCCGTCCATATCAGCAGAAGCAGTACCTg > 6:187302/1‑149 (MQ=255) | TGTCGTTGTTCAAAGTCCCTTTGCTGTTACCAAAGAAAACAGAACCGAAGGTCATTTTAGCCGTGCTACCTGGATTCGGATTTGCTTTGCTGCAGTCAACGGTGATGCTGAAAGGTTTAGCTTTAGCGCCAACGGTGTCATTCAGTACGCCAGCATCGATTTCACCAACGGTTGCGGTTTGCAGCAGGATCAGACCATCCTTGTTACCGCCGTCAACGCGGGTTTCACAGGTGTTATCAACAACCAGACCACTGATATTTAACTGACCGCCGTCCATATCAGCAGAAGCAGTACCTG > NC_000913/156535‑156831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |