| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,849,031 | T→C | 5.6% | G65G (GGT→GGC) | sppA → | protease IV (signal peptide peptidase) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,849,031 | 0 | T | C | 5.6% | 222.1 / 2.6 | 73 | G65G (GGT→GGC) | sppA | protease IV (signal peptide peptidase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/32); new base C (2/2); total (39/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
GCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAACTCACTGTTTGATATCGTCAACACTATTCGCCAGGCGAAGGACGACCGCAATATCACCG > NC_000913/1848884‑1849179 | gCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGgt < 3:85527/148‑1 (MQ=255)gCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGgt < 3:290535/148‑1 (MQ=255)gCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGgt < 5:164376/148‑1 (MQ=255) ctgAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGAtc < 6:6865/147‑1 (MQ=255) tgAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGAtcgtc > 7:190559/1‑149 (MQ=255) tgAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGAtcgtc > 3:289327/1‑149 (MQ=255) tgAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGAtcgtc > 2:269520/1‑149 (MQ=255) aTTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGAt < 4:421718/149‑1 (MQ=255) agTGAATTGGTACTTTATCTGTTGTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCTGGTGTGTTTTGGTGATTGGAATGAAAGGGCCAGTGGTGGGGCACTGCTGATGGACATTTCTGGTGTGTTCGTCGATAAACTCGa < 4:190533/148‑1 (MQ=255) gTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGAt > 7:168443/1‑140 (MQ=255) gTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGAt < 8:168443/140‑1 (MQ=255) aTGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTtc > 8:122930/1‑149 (MQ=255) gTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTtctc < 3:307550/148‑1 (MQ=255) gTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCa < 7:340010/149‑1 (MQ=255) ccTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTa < 4:289327/149‑1 (MQ=255) cTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAg < 7:48505/149‑1 (MQ=255) cTTTATTTTCCTGGTAGTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGAGTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTTGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTaaa < 6:402576/148‑1 (MQ=255) cTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTaaa < 7:151166/148‑1 (MQ=255) tttATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGGCATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAAt > 4:123646/1‑148 (MQ=255) tttATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAAt > 5:242564/1‑148 (MQ=255) tttATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAAt > 1:282262/1‑148 (MQ=255) tttATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAAt > 8:231897/1‑148 (MQ=255) tttATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATACGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGAGATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACACGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAAt > 5:344491/1‑148 (MQ=255) aTTTTCCTCGTACTGGTTGGGGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCCGCGGTTTAGTAAATTaa < 1:269520/148‑1 (MQ=255) tCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAg > 2:319331/1‑149 (MQ=255) tCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAg > 5:335033/1‑149 (MQ=255) gTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGTATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGCGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTa > 4:316321/1‑130 (MQ=255) gTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGCGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTa < 3:316321/130‑1 (MQ=255) gtgGGGATTTGGATGCAGGGCAGGGGTGGGGATTCGAATGAAACGGCCAGTCGGGGCGCACTGCTGCTGGAAATTTCTTGTGTTATAGTCGATAAACACGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTATATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAg < 8:419329/149‑1 (MQ=255) tgGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGt > 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tgtgATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAACTCACTGTTTGATATCGTCAACACTATTCGCCAGGCGAAGGACGACCGCAATATCACCg > 7:165766/1‑149 (MQ=255) | GCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAACTCACTGTTTGATATCGTCAACACTATTCGCCAGGCGAAGGACGACCGCAATATCACCG > NC_000913/1848884‑1849179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |