| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,068,929 | A→C | 6.3% | intergenic (‑121/+18) | argO ← / ← mscS | arginine transporter/mechanosensitive channel protein, small conductance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,068,929 | 0 | A | C | 6.3% | 287.1 / 9.0 | 92 | intergenic (‑121/+18) | argO/mscS | arginine transporter/mechanosensitive channel protein, small conductance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/43); new base C (4/2); total (47/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
CAAGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGTTTTGCAGATCGC > NC_000913/3068781‑3069077 | cAAGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGtatta < 8:341221/149‑1 (MQ=255) aCCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGAAATTCCGATTAAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATTAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTAtctg > 2:445683‑M2/1‑145 (MQ=255) cTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTAtctggc > 1:276565‑M2/1‑143 (MQ=255) 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(MQ=255) tCAGAAAAACTAAAAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATATGTACACATCGTTAATTAAGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACAACCATTTGCGGGTACGGGAAGCAGATACCGGCGGAATCAAATTCACGTTTAATaa > 4:242129/1‑148 (MQ=255) aaCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAg < 2:220181/149‑1 (MQ=255) taaGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATc > 3:396399/1‑149 (MQ=255) gagagagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCa < 7:184074/149‑1 (MQ=255) agagagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAg < 5:453788/149‑1 (MQ=255) gagagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGt < 2:100977/149‑1 (MQ=255) agGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTaca > 8:146665/1‑149 (MQ=255) ccAGAGAGTATTCTCGGGCCGCAGCGTTGATGACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGCTACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGt < 2:346235/149‑1 (MQ=255) cAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTTAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGtt > 4:399239/1‑149 (MQ=255) cAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGtt > 3:52596/1‑149 (MQ=255) cAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGtt > 7:349362/1‑149 (MQ=255) agagagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGttt > 7:278852/1‑149 (MQ=255) agagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGt > 4:313370/1‑114 (MQ=255) agagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGt < 3:313370/114‑1 (MQ=255) gagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGTTTTGc < 8:278852/149‑1 (MQ=255) atCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTaca > 1:129923/1‑134 (MQ=255) atCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTaca < 2:129923/134‑1 (MQ=255) atCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGTTTTGCAGATcgc > 3:357843/1‑149 (MQ=255) | CAAGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGTTTTGCAGATCGC > NC_000913/3068781‑3069077 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |