| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,376,291 | T→C | 5.7% | intergenic (+26/‑26) | efp → / → ecnA | polyproline‑specific translation elongation factor EF‑P/entericidin A membrane lipoprotein, antidote entericidin B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,376,291 | 0 | T | C | 5.7% | 595.8 / 17.3 | 195 | intergenic (+26/‑26) | efp/ecnA | polyproline‑specific translation elongation factor EF‑P/entericidin A membrane lipoprotein, antidote entericidin B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/89); new base C (6/5); total (100/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TGGTGGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCGCGCTGCCAGC > NC_000913/4376145‑4376439 | tggtggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTg > 2:74228/1‑148 (MQ=255)tggtggCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGc > 8:202366/1‑149 (MQ=255) tcAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCCGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCAt > 1:285381/2‑149 (MQ=255) cAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCAt > 4:134850/1‑148 (MQ=255) aaaCCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCa > 5:297508/1‑149 (MQ=255) acccGGCTCCCCTGGCTACTGGCGCTGTGGCTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAAGCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTGGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCAc < 4:248436/147‑1 (MQ=255) aCCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGGCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGGGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACt < 7:160383/149‑1 (MQ=255) cTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTc < 3:281154/149‑1 (MQ=255) aCCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAg > 8:371493/1‑149 (MQ=255) ccTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt < 3:408669/149‑1 (MQ=255) ccTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt < 1:74228/149‑1 (MQ=255) cTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTc > 8:255710/1‑144 (MQ=255) tGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGt > 6:343480/1‑147 (MQ=255) tCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCa < 7:202366/147‑1 (MQ=255) 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atcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCAc > 1:462653/1‑149 (MQ=255) atcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCAc < 7:371493/149‑1 (MQ=255) atcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCAc < 3:134850/149‑1 (MQ=255) tcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACg > 7:100739/1‑149 (MQ=255) gATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCtt > 1:325795/1‑114 (MQ=255) ccGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGc > 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gtgCAGCCTGCAGGCCGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCAt < 7:268607/148‑1 (MQ=255) tgCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACt > 4:168613/1‑143 (MQ=255) tgCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACt < 3:168613/143‑1 (MQ=255) cGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGa < 4:231218/118‑1 (MQ=255) cGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCAtctct < 7:430122/149‑1 (MQ=255) cGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCAGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGACAACTCCAtctc < 8:7779/148‑1 (MQ=255) cTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCt > 6:112552/1‑89 (MQ=255) cTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCt < 5:112552/89‑1 (MQ=255) gCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCGCGCTGc > 2:228668/1‑147 (MQ=255) gCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCGCGCTGc > 6:455543/1‑147 (MQ=255) cTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCGCGCTGCCAg < 4:333839/149‑1 (MQ=255) tGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCGCGCTGCCAGc > 1:85528/1‑149 (MQ=255) tGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCCGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCGCGCTGCCAGc > 4:29682/1‑149 (MQ=255) | TGGTGGCAAACCGGCTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCGCGCTGCCAGC > NC_000913/4376145‑4376439 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |