| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,530,496 | G→T | 6.1% | intergenic (+92/‑90) | ydcD → / → yncI | putative immunity protein for RhsE/pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,530,496 | 0 | G | T | 6.1% | 388.3 / 11.2 | 115 | intergenic (+92/‑90) | ydcD/yncI | putative immunity protein for RhsE/pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/56); new base T (4/3); total (56/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTATGATAACAATTTGAAAAATGAAGTTTTTGACTGGATTGGTAAATGGTCATAATGAACAACACCAGAAAGAGAAAAATATAAAATACATACAGAAAGACATGAGAGCAAGGGACGGGGCAGGGCAAGATCATGAAAATTGTGATGTAAATCACGATTTTCATCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGACGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGACAACAAG > NC_000913/1530350‑1530643 | ttatGATAACAATTTGAAAAATGAAGTTTTTGACTGGATTGGTAAATGGTCATAATGAACAACACCAGAAAGAGAAAAATATAAAATACATACAGAAAGACATGAGAGCAAGGGACGGGGCAGGGCAAGATCATGAAAATTGTGATGt < 2:174533/148‑1 (MQ=255) aaCAATTTGAAAAATGAAGTTTTTGACTGGATTGGTAAATGGTCATAATGAACAACACCAGAAAGAGAAAAATATAAAATACATACGGAAAGACATGAGAGCAAGGGACGGGGCAGGGCAAGATCATGAAAATTGTGATGTAAATCAc > 4:131005/1‑148 (MQ=255) aCAATTTGAAAAATGAATTTTTTGACTGGTTTGGTAAATGGTCATAATTAACAACACCAGAAAGATAAAAATATAAAATACATACAGAAAGACATGACAGCAAGGGAGGGGGCAGGGCTATATCATGAAAATTGTGATGTAAATCACGa < 8:421339/149‑1 (MQ=255) ttGAAAAATGAAGTTTTTGACTGTATTGGTAAATGGTCATAATGAACAACACAAGAAAGAGAAAAATATAAAATACATACAGAAAGACATGAGAGCAAGGGAAGGGACAGGGCAAGATCATAAAAAATGATATGTAAATCAAGAtttt 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tGTAAATCACGATTTTCATCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGACGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATAGACGACAACAAg > 6:399386/1‑149 (MQ=255) | TTATGATAACAATTTGAAAAATGAAGTTTTTGACTGGATTGGTAAATGGTCATAATGAACAACACCAGAAAGAGAAAAATATAAAATACATACAGAAAGACATGAGAGCAAGGGACGGGGCAGGGCAAGATCATGAAAATTGTGATGTAAATCACGATTTTCATCTTTGCTTTAACGCCTACAGGTGATCAAAATTTAACCTTTGGAATAACTAAAAAGATAAAAAAGGACGCCAGGTGAGTATTCAAAGTTTGCTTGATTATATTTCAGTGACCCCTGATATACGACAACAAG > NC_000913/1530350‑1530643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |