| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,746,485 | T→G | 8.5% | noncoding (51/77 nt) | valV → | tRNA‑Val |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,746,485 | 0 | T | G | 8.5% | 155.7 / 3.2 | 65 | noncoding (51/77 nt) | valV | tRNA‑Val |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/35); new base G (4/2); total (28/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAAACGGTCGAAATAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAATCTGGTCTTCTCCTTTTTCCCTCTGT > NC_000913/1746341‑1746629 | cAAACGGTCGAAATAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTCACATGGTGGGGGTCGtt < 2:161215/146‑1 (MQ=255) aaCGGTCGAAATAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTc < 8:403717/149‑1 (MQ=255) cGGTCGAAATAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGa < 7:373133/149‑1 (MQ=255) ggTCGAAATAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTTCAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAg < 8:256164/149‑1 (MQ=255) ggTCGAAATAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCAGCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGGTCgcg > 3:47261/1‑147 (MQ=255) tCGAAATAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTTCAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTc > 8:136201/1‑149 (MQ=255) aaaTAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGtt < 2:74188/136‑1 (MQ=255) aaaTAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGtt > 1:74188/1‑136 (MQ=255) aaaTAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCaa > 3:397025/1‑149 (MQ=255) aaTAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCTAt > 5:17419/1‑149 (MQ=255) aTAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTTCAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAAtt < 7:136201/149‑1 (MQ=255) aTAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAAtt < 1:471174/149‑1 (MQ=255) gcgcAGAAAATTACGTTTTGCCTCATGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTACTATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGGCCAATTGaa < 1:387805/149‑1 (MQ=255) cAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGTACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGc < 7:345557/149‑1 (MQ=255) ttACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAAt > 7:436898/1‑135 (MQ=255) ttACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAAt < 8:436898/135‑1 (MQ=255) ttACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATcc > 7:159252/1‑149 (MQ=255) tACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACTTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTAGACATCGTCGGGGACGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACACACAATcc > 2:146497/1‑148 (MQ=38) tACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCt > 6:201911/1‑149 (MQ=255) gTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCAGTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTGATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACGTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCg 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ccACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTaga < 4:94076/149‑1 (MQ=255) ccACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTag < 6:158641/148‑1 (MQ=255) ccACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGGCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTaga < 4:75471/149‑1 (MQ=255) acactGCCGCTAAAAACCGTCCCCGTAGGCACATACAACGTTGCGTTCAGAGCTCAGTGGGTTAGAGCACCACCTTGTCATGGTGGGGGGCGTTGCTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCGTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGc < 4:47261/146‑1 (MQ=25) tctGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAAtt > 8:318738/1‑107 (MQ=255) tctGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAAtt < 7:318738/107‑1 (MQ=255) tctGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGcac > 3:185601/1‑149 (MQ=255) ccGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGcacc < 4:185601/146‑1 (MQ=255) ccGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGcac < 5:387247/145‑1 (MQ=255) ccGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGcac > 6:387247/1‑145 (MQ=255) gCTAATATTCGTCCCCGTTGTCCCCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCTGTTGGTTAGCGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTagag < 1:200780/140‑1 (MQ=255) gCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTTCCAGGGGGGGGGTCGTTGGTTGGAGTCCATTTGAACGCAGCAACCTGGGTCCGGAGCTCTGTTTGTTAGAGcagatcg > 2:200780/1‑142 (MQ=25) gCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGtt < 4:344024/132‑1 (MQ=255) gCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGtt > 3:344024/1‑132 (MQ=255) gCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCAATAGAACGCACCATCATGACTGCTTAGCGAAGTAGGATATAGCACACCCtt > 4:246915/1‑149 (MQ=18) gCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGAGGGGGGAGGTGGTGCGATGCCAATAGACGGCCCCATCCTGAGGCCGTATGTCAGTTGGTTCGAGcacaaaagt > 5:340923/1‑143 (MQ=21) actatCCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGCTCAAAGCTCAGGTGGCTAGCGCACCACCCTTACATGGTGTGTGTCGTTGGTTCGATTCCATTTGAACGCACCATCCTGCGTCCGAAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGAc < 6:386545/147‑1 (MQ=255) atTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTg > 1:120954/1‑81 (MQ=255) atTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTg < 2:120954/81‑1 (MQ=255) atTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTACGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACAtg > 8:15015/1‑149 (MQ=255) ttCGTCCCCGTTGGCACCTTCAACGTCGAGTTCATAGCTCTTTTGGTTTGATCTCGACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCATTTGAACGGACCATGCTGCGTCCTTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACAtg < 8:434258/148‑1 (MQ=37) cGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCg > 3:88449/1‑107 (MQ=255) cGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCg < 4:88449/107‑1 (MQ=255) aCCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAg > 1:424475/1‑72 (MQ=255) 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ggTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGTGGGTCGTTGCTTCGAGGCCAATGGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTc < 3:42634/148‑1 (MQ=255) ggTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTc < 7:15015/148‑1 (MQ=255) ggTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTc < 3:211692/148‑1 (MQ=255) gatccaccacCTTGACATGGGGGGGGGCGTTGGTGCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCGGCGTCCGTAGCTCCCTTGGTGACAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAAt < 5:99281/145‑1 (MQ=37) atctcaccTTTTCATTGTGGGGGTCGTTGTGTCGATTCCAAATGACCTCACGATCCTGCGGCCGTAGCTCAGTCGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAATCTg < 7:211618/145‑1 (MQ=21) ccaccTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGCACGCACCATACTGAGTCCGTATCTGAGTTTGTTTGAGCACCAACTTTACATGTGGGTGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGCACGCAGAAGATTTTCTTAATCTgtgg > 1:161160/1‑146 (MQ=25) ccaccTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCAGCCTGCGTGCGTAGCACCGTTGGTTAGAGCACCACCTTGAGATGGTGGGGGTAGGTGGTTCGATGCCACTCGGACGCAGCAGATATTATAAATcggatc > 6:99281/1‑144 (MQ=37) caccTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGt < 8:118750/73‑1 (MQ=255) caccTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGt > 7:118750/1‑73 (MQ=255) accTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAATCTGGtctt < 5:423015/149‑1 (MQ=255) aTGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCACTAGCACGCACCATCCTGAGTACGTATCTACGTTTCATAGATCCCCACCTTGAAAAGGTGGGGGTCGCTGGTACTCGTCCACTCTGACTCACACGAATTTCGTAATCTGGTCTTATCCttta > 6:407105/1‑148 (MQ=255) ggcGTTTGTTCGTGCCCTATTGAACGAACCATGCTGCGTCCCTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAATCTGGTCTTCTCCTTTTTCCCTCTGt < 6:427221/147‑1 (MQ=25) ttGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAATCTGGt < 4:44916/125‑1 (MQ=255) ttGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAATCTGGt > 3:44916/1‑125 (MQ=255) | CAAACGGTCGAAATAGCGCAGAAAATTACGTTTTGCCTCTTGCCACCTTCCCACTCTGCCGCTAATATTCGTCCCCGTTGTCACCTACAACGTTGCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGATTTTCTTAATCTGGTCTTCTCCTTTTTCCCTCTGT > NC_000913/1746341‑1746629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |