| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,019,735 | G→T | 11.5% | P107T (CCA→ACA) | ompA ← | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,019,735 | 0 | G | T | 11.5% | 253.1 / 3.5 | 91 | P107T (CCA→ACA) | ompA | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/44); new base T (10/2); total (45/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAACCACCAAAAGCAC > NC_000913/1019587‑1019878 | aTTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTgg > 1:370349/1‑149 (MQ=255) cAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCTGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTa < 8:182989/148‑1 (MQ=255) cgTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCg > 1:449141/1‑149 (MQ=255) tCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAATCGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGtt < 1:131368/139‑1 (MQ=255) tCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTTGGTAACCAAATTTAGCGGTCAg > 6:41981/1‑149 (MQ=255) tCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGTGTAACCCAGTTTAGCGGTCAg > 4:353222/1‑149 (MQ=255) tCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAg > 3:54749/1‑149 (MQ=255) aaCACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGtt > 2:333812/1‑149 (MQ=255) aaCACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGtt > 5:305095/1‑149 (MQ=255) aaCACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGtt < 1:450552/149‑1 (MQ=255) aaCACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGAATTGTTAAACAAGTTTAGCGGTCAGtt > 4:33942/1‑149 (MQ=255) cacCGCCAGCGAAGACCTGAGAAACGCCCGTGTCCTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGAGTCTGCACGCCATACAATGCCACCCAGACTAGTGTAGATCTCCAGGTAGTCAGTGATTTTATAACCAAGTTTAGCGGTCAGTTg > 6:359410/1‑148 (MQ=255) cacCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCATGTCCTCAGTGAATTTGAAAACAAATTTAGCGGTCAGTTg > 6:3337/1‑148 (MQ=255) ccGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAAc < 4:54749/149‑1 (MQ=255) cGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGGTTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATATTGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACg > 4:365906/1‑149 (MQ=255) cAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGccc > 6:70566/1‑149 (MQ=255) aGCGATGACGGGAGAAACTCCGGTGTCGGGGTTTTTACCATAAACGATGGATTTAGTTGCTGATCGGCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCAAGGTCGGCAGTTATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCACTTCAACGCCCt < 5:401305/149‑1 (MQ=255) cGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTGGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCt < 5:434533/147‑1 (MQ=255) aGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGTGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCt < 5:118369/149‑1 (MQ=255) aCCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCttt < 1:333812/149‑1 (MQ=255) aCCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTGTTACCATAAACGTTGGATGTAGTGGCTGCCCGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGGCAGTTGAACGCCCTGAGCttt < 5:372688/149‑1 (MQ=255) cGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCAAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGATAACCCAGTTTAGAGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTg > 4:88691/1‑148 (MQ=255) ggAGAAACGCCCGTGTCGTGGTTTGTACCATAACCGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTa < 6:296836/149‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACACAGACGAGTGTAGATGTCCATGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGGCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCa < 6:277461/148‑1 (MQ=255) aCGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATATACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGaa < 5:218655/127‑1 (MQ=255) aCGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGTGTAAACCAGTTAAGCGGTCAGTTGaa > 6:218655/1‑127 (MQ=255) aCGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATCTCCATGTACTCAGTAAAATTATAAAAAATTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCAcc > 6:41222/1‑149 (MQ=255) caccggcGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGttt < 5:123394/143‑1 (MQ=255) cGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGttt < 2:370349/149‑1 (MQ=255) tCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAAc < 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ccATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGt < 5:41222/148‑1 (MQ=255) ccATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTa > 1:60280/1‑149 (MQ=255) ccATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTa < 5:70566/149‑1 (MQ=255) ccATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTa < 3:353222/149‑1 (MQ=255) ccATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTa < 1:423234/149‑1 (MQ=255) aTAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACg < 5:99450/149‑1 (MQ=255) aTAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACg > 3:399218/1‑149 (MQ=255) aTAAACGTTGGATTTAGGGGCTGCACGCCATACCATGCCACCAAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGCACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACg < 3:88691/149‑1 (MQ=255) aaCGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGc < 7:192639/148‑1 (MQ=255) aCGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATCTCCATGTACTCCGTAAAATTAAAAAAAAAATTAGCTGTCAGTTGAACGCACTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCa > 4:385963/1‑148 (MQ=255) 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cAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAac > 6:444963/1‑149 (MQ=255) aGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCaaa > 7:7557/1‑122 (MQ=255) aGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCaaa < 8:7557/122‑1 (MQ=255) ggTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAacca < 1:410567/149‑1 (MQ=255) ggTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAacca > 7:134588/1‑149 (MQ=255) gtcgtcTGTGTTTGTGTAACCCAGTTTAGCTGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGGACCTTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAAc < 2:18210/100‑1 (MQ=255) gtcgtcAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAAc > 1:18210/1‑100 (MQ=255) gtcgtcAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAaccac > 1:89211/1‑149 (MQ=255) aGTTATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAACCACCaaaa < 3:365906/148‑1 (MQ=255) aGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAACCACCAAAAg > 6:304391/1‑149 (MQ=255) aTTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCTTTTTCATCGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAACCACCAAAAGCAc < 2:80150/148‑1 (MQ=255) aTTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAACCACCAAAAGCAc < 4:399218/148‑1 (MQ=255) ttGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAACCACCAAAAGCAc > 5:404249/1‑147 (MQ=255) | ATTTCAGGAGTGATCGCGTACTCAACACCGCCAGCGAAGACCGGAGAAACGCCGGTGTCGTGGTTTTTACCATAAACGTTGGATTTAGTGTCTGCACGCCATACCATGCCACCCAGACGAGTGTAGATGTCCAGGTCGTCAGTGATTGGGTAACCCAGTTTAGCGGTCAGTTGAACGCCCTGAGCTTTGTATGCACCGTTTTCAACGCTGCCTTTGTACGGCATACGACCTAACCAGTCGTAACCCATTTCAAAGCCAACATACGGGTTAACCTGGTAACCACCAAAAGCAC > NC_000913/1019587‑1019878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |