| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | 2358009 = | 102 (0.950) | 5 (0.050) | 5/246 | NT | 5.3% | intergenic (+8/+33) | ypaA/rhmA | pseudogene, C‑terminal fragment, Transposase_31 family/2‑keto‑3‑deoxy‑L‑rhamnonate aldolase |
| ? | NC_000913 | 2358036 = | 84 (0.830) | intergenic (+35/+6) | ypaA/rhmA | pseudogene, C‑terminal fragment, Transposase_31 family/2‑keto‑3‑deoxy‑L‑rhamnonate aldolase | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAGTTC > NC_000913/2357863‑2358153 | cAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACCAGCCATTAAAATTGATTTGAGCATGCTTGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGc < 8:489572/149‑1 (MQ=255) gcagcaatgcctggcgtggggagcgaactttgtcgctgttggcgttgacacgatgctctacagcgatgccctggatcaacgactggcgatgtttaaatcaggcaaaaatgggccacgcataaaaggtagttattgatatcaaAGGCCca < 4:444868‑M1/7‑1 (MQ=255) gAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCca > 2:371696/1‑149 (MQ=255) gTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGc 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gAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGCCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAATCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATccc > 5:259400/1‑148 (MQ=255) aaGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCa < 8:39122/149‑1 (MQ=255) aGGTTTGGATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGAGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCAt < 2:406886/149‑1 (MQ=255) aGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCAt > 8:78680/1‑149 (MQ=255) ggTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATg < 1:371696/149‑1 (MQ=255) 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8:180709/1‑148 (MQ=255) aaTTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCaa > 6:32285/1‑140 (MQ=255) aaTTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCaa < 5:32285/140‑1 (MQ=255) ttAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAg < 7:334083/149‑1 (MQ=255) acacATGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGACCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCATGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAGTTc < 3:271182/149‑1 (MQ=255) acacAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAgg < 7:37605/104‑1 (MQ=255) acacAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAgg > 8:37605/1‑104 (MQ=255) acacAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCCGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAGtt < 8:186969/148‑1 (MQ=255) cacaGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTaga < 4:197998/116‑1 (MQ=255) | GCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAGTTC > NC_000913/2357863‑2358153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |