| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,382,115 | C→T | 5.6% | P170S (CCG→TCG) | rbn → | RNase BN, tRNA processing enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,382,115 | 0 | C | T | 5.6% | 281.0 / 4.7 | 89 | P170S (CCG→TCG) | rbn | RNase BN, tRNA processing enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/35); new base T (2/3); total (51/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
CGCTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACGGCGCAGATTACTTAGCTGCTCCAGTGCCAGGTAAAGCGCTCGCTATTTTCGGCGATACCGGCCCCTGCGATGC > NC_000913/2381973‑2382260 | cgcTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTg > 8:479541/1‑149 (MQ=255) cTGGCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGc < 4:372884/149‑1 (MQ=255) gAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACt > 8:486970/1‑149 (MQ=255) gAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCACAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACt > 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tgatgGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGTATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTc > 1:313274/1‑143 (MQ=255) tgatgGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGTATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTc < 2:313274/143‑1 (MQ=255) atgGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAAtt < 1:428794/148‑1 (MQ=255) aGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGTCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCaaaa < 2:104377/149‑1 (MQ=255) aCCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAAt > 5:103006/1‑149 (MQ=255) cGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCa > 4:364909/1‑149 (MQ=255) cGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCa > 7:17764/1‑149 (MQ=255) aTCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGc < 3:364909/147‑1 (MQ=255) cGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTgg > 4:436906/1‑147 (MQ=255) gAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGAt < 7:486970/147‑1 (MQ=255) 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ccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCa > 1:503571/1‑149 (MQ=255) cACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAACCCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGTCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCACACCAATCACGCTGGAAGATGGAAgg > 6:429290/1‑146 (MQ=255) cACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGTCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAgg > 6:429289/1‑146 (MQ=255) cACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAgg > 8:226427/1‑146 (MQ=255) aCTGTAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAgg > 2:290620/1‑145 (MQ=255) 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cTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAAtt < 3:54268/93‑1 (MQ=255) cTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAAtt > 4:54268/1‑93 (MQ=255) tCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCTCCTGGCCCACTGTTTCAGTAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACGGCGCAGATTACt < 6:199105/149‑1 (MQ=255) tCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACGGCGCAGATTACt > 1:411236/1‑149 (MQ=255) gTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACGGCGCAGATTACtt < 7:479541/148‑1 (MQ=255) gTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAGCGGGCAAAACAATCACGCTGGAAGATGGAAGGCAGATTAACGGCGCAGATTACt > 7:277323/1‑147 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |