| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 605,300 | T→C | 5.3% | N42S (AAC→AGC) | nfsB ← | dihydropteridine reductase, NAD(P)H‑dependent, oxygen‑insensitive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 605,300 | 0 | T | C | 5.3% | 350.3 / 6.5 | 117 | N42S (AAC→AGC) | nfsB | dihydropteridine reductase, NAD(P)H‑dependent, oxygen‑insensitive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/52); new base C (3/3); total (61/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GTCCATCGCGGTTTTTGCACAGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATGCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGCGACAGAAATGATATCCATAAAGACTCCATGTGAAAGTAATT > NC_000913/605152‑605447 | gTCCATCGCGGTTTTTGCACAGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGt > 6:222237/1‑149 (MQ=255) aTCGCGGTTTTTGCACAGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGt > 1:181211/1‑149 (MQ=255) tCGCGGTTTTTGCACAGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCACCACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTg > 5:428075/1‑149 (MQ=255) tCGCGGTTTTTGCACAGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTg > 5:420784/1‑149 (MQ=255) gcgGTTTTTGCACAGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTTCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCt < 1:39536/149‑1 (MQ=255) cgGTTTTTGCACAGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTg < 4:211814/149‑1 (MQ=255) tttttGCACAGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGGGTTGGTGCTGGAt < 5:390028/149‑1 (MQ=255) gCACAGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGc < 7:235781/148‑1 (MQ=255) cacaGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTg < 6:113541/149‑1 (MQ=255) caGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTa > 6:31371/1‑149 (MQ=255) aGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGACCACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTAt > 6:78390/1‑149 (MQ=255) aGAACAACACGACGTGCGAGGAATCACGCATTTTACGCTCGTTTAACACGTAATTACCGTCAGCGGATTTGGCAACACGCGCATTACATTCGTCAGTGCGGGCAACAAGAAAAAGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGCTGGGCTGTAt > 4:348626/1‑149 (MQ=255) caccacGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCa < 3:124433/149‑1 (MQ=255) accacGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAg > 5:376271/1‑149 (MQ=255) cacGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCCCGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAg > 6:6369/1‑147 (MQ=255) cacGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCa > 2:495318/1‑146 (MQ=255) cacGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCa < 1:495318/146‑1 (MQ=255) cgTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGtt < 5:31371/149‑1 (MQ=255) 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gCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTg > 1:172254/1‑124 (MQ=255) gCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTg < 2:172254/124‑1 (MQ=255) gCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGcc > 8:312641/1‑149 (MQ=255) gCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGcc > 1:359529/1‑149 (MQ=255) gCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGCTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGcc > 6:150175/1‑149 (MQ=255) ttACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGc > 4:244330/1‑120 (MQ=255) cGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTTTTGCAGTAGCGTTGTGATCTGGTCGGCCTGTTCCgg > 1:348456/1‑149 (MQ=255) cGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCgg < 8:59695/149‑1 (MQ=255) gCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCggg > 3:117340/1‑149 (MQ=255) gCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCggg < 5:222237/149‑1 (MQ=255) tCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCg > 3:35870/1‑145 (MQ=255) 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acacGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGGTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGtttt < 2:181211/149‑1 (MQ=255) acGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGtttttt < 2:359529/149‑1 (MQ=255) acGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGtttttt > 4:272502/1‑149 (MQ=255) tAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCt < 8:117606/149‑1 (MQ=255) aaTTAGCGGCAGCGGATTTGGCACCACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCGGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTg > 1:5879/1‑149 (MQ=255) 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aaTAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATGCCTTAGCGGAATGACGCTTTAAGGCGACAGAAATGATATcc < 4:105087/145‑1 (MQ=255) aaaTGCCACGGCTGGGAGTGGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCTGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATGCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGCGACAGAAATGATATCCATAAAGa < 3:348626/148‑1 (MQ=255) aTGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATGCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGCGACAGAAATGATATCCATAAAGACTc > 7:422577/1‑149 (MQ=255) tatcACGGCTGGGAGTTCGGGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGTGTAAGTTTTTTGATTGCATCAAATGCCTTAGTGGAATGACGCTATAAGGCGACAGAAATGATATCCATAAAGACTcc < 5:115439/146‑1 (MQ=255) ccACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATGCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGCGACAGAAATGATATCCATAAAGACTCCAt < 4:193971/149‑1 (MQ=255) aCGGCTGGGAGGTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATTCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGAGACAGAAATGATATCCATAAAGACTca > 6:115439/1‑144 (MQ=255) cTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATGCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGCGACAGAAATGATATCCATAAAGACTCCATGTGaaa < 5:464552/149‑1 (MQ=255) cTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATGCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGCGACAGAAATGATATCCATAAAGACTCCATGTGa > 3:179724/1‑147 (MQ=255) ggAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATGCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGCGa < 8:55413/113‑1 (MQ=255) ggAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATGCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGCGa > 7:55413/1‑113 (MQ=255) gTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTACGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATTCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGCGACAGAAATGATATCCATAAAGACTCCATGTTAAAGTAAtt > 5:43735/1‑149 (MQ=255) | GTCCATCGCGGTTTTTGCACAGAACACCACGACGTGCGAGGCATCAAGCATTTTACGCTCGTTGAACACGTAATTACCGGCAGCGGATTTGGCAACACGCGCTTTACCTTCTTCCGTGCTGGCAACAATAAAATGCCACGGCTGGGAGTTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTGCTGGCATCAAATGCCTTAGTGGAATGACGCTTTAAGGCGACAGAAATGATATCCATAAAGACTCCATGTGAAAGTAATT > NC_000913/605152‑605447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |