| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 616,888 | C→T | 6.5% | S911L (TCG→TTG) | entF → | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 616,888 | 0 | C | T | 6.5% | 190.1 / 2.5 | 61 | S911L (TCG→TTG) | entF | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/32); new base T (2/2); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
ATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTT > NC_000913/616740‑617035 | aTTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTc > 6:185107/1‑149 (MQ=255) cAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCggg > 4:147713/1‑149 (MQ=255) aGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGc < 5:185107/149‑1 (MQ=255) aTCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGcc > 8:251914/1‑149 (MQ=255) aTCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGcc > 2:263069/1‑149 (MQ=255) gAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGtt < 5:153834/149‑1 (MQ=255) gAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGtt > 3:168699/1‑149 (MQ=255) aaCTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTg < 1:263069/149‑1 (MQ=255) aaCTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTg < 5:221789/149‑1 (MQ=255) cTGGTCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTTGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGa < 2:381095/149‑1 (MQ=255) gatcgCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGGCGAACCCGCCGGTACCCCCGCCTGGGGGATTAACCCGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGGGGCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCAtt < 8:185912/149‑1 (MQ=255) tcgCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGc < 3:147713/149‑1 (MQ=255) tcgCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGc > 6:10077/1‑149 (MQ=255) tGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAg > 8:13512/1‑149 (MQ=255) ggCGCTGCCGGATGTCGCACAAGCCGCGACCCACGCCTGTGGGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGACGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGCTGTCGCAACCGGGCCTGCCGTTGGAGACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCtgc < 4:168699/149‑3 (MQ=255) ggCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTc < 7:251914/149‑1 (MQ=255) cgcTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGt < 1:181149/149‑1 (MQ=255) cgcTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGAATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGt < 2:206149/149‑1 (MQ=255) 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gAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccac > 4:261167/1‑148 (MQ=255) aaCAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacca > 8:295112/1‑149 (MQ=255) aaCAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGccacca > 7:320311/1‑149 (MQ=255) ccGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATg < 5:10077/149‑1 (MQ=255) ccACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCgg < 3:261167/149‑1 (MQ=255) ccACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCgg > 3:207574/1‑149 (MQ=255) aCGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTTGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACAtt < 7:116317/127‑1 (MQ=255) aCGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTTGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACAtt > 8:116317/1‑127 (MQ=255) aCGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTTGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACAtt > 8:110819/1‑127 (MQ=255) aCGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTTGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACAtt < 7:110819/127‑1 (MQ=255) ccTGTGTGATTAACCAGGCGGCGGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGtt < 3:209424/149‑1 (MQ=255) 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gATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTc > 8:239563/1‑107 (MQ=255) gATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTc < 7:239563/107‑1 (MQ=255) aTTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACata > 7:312447/1‑127 (MQ=255) aTTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACata < 8:312447/127‑1 (MQ=255) aTTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCtgctgc < 7:295112/148‑1 (MQ=255) aCCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACAtt < 2:87812/112‑1 (MQ=255) aCCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACAtt > 1:87812/1‑112 (MQ=255) aCCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACtt > 4:147340/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACtt > 8:264541/1‑149 (MQ=255) gcggcTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCca > 7:376613/1‑147 (MQ=255) ccGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACt > 4:214194/1‑148 (MQ=255) gtgATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAgcgc < 8:320311/148‑1 (MQ=255) gATGCGCGTCAATTGGTGGGCGATCTGGTGTCGCAATCGGGCGTGCCGTGGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCaa > 4:195617/1‑149 (MQ=255) gcgcGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTg < 6:372819/48‑1 (MQ=255) gcgcGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTg > 5:372819/1‑48 (MQ=255) ggCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCaa < 3:214194/149‑1 (MQ=255) gCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCaaa < 2:279058/149‑1 (MQ=255) tCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCggt > 4:162623/1‑87 (MQ=255) tCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCggt < 3:162623/87‑1 (MQ=255) gtCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGt < 3:195617/149‑1 (MQ=255) tCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGtt < 7:264541/149‑1 (MQ=255) tCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGtt < 3:147340/149‑1 (MQ=255) | ATTCGCGGGCAGCGTATCGAACTGGGCGAAATCGATCGCGTGATGCAGGCGCTGCCGGATGTCGAACAAGCCGTTACCCACGCCTGTGTGATTAACCAGGCGGCTGCCACCGGTGGTGATGCGCGTCAATTGGTGGGCTATCTGGTGTCGCAATCGGGCCTGCCGTTGGATACCAGCGCATTGCAGGCGCAGCTTCGTGAAACATTGCCACCACATATGGTACCGGTGGTTCTGCTGCAACTTCCACAGTTACCACTTAGCGCCAACGGCAAGCTGGATCGCAAAGCCTTACCGTT > NC_000913/616740‑617035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |