Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 580,020 | 0 | G | A | 5.5% | 398.5 / 9.0 | 126 | R47R (AGG→AGA) | ybcW | DLP12 prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/61); new base A (3/4); total (61/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.62e-01 |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
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ggTGTCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTctgt > 6:262513/1‑149 (MQ=255) gtgtCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCtgt > 6:145266/1‑125 (MQ=255) gtgtCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCtgt < 5:145266/125‑1 (MQ=255) gtgtCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGCTGAAGCACGATAATAATATGAAGTATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTctgtc < 1:56445/149‑1 (MQ=255) tgtCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTctgtca > 7:363318/1‑149 (MQ=255) tctGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAg > 3:198055/1‑138 (MQ=255) tGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGCCTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTctgtcactgg > 7:172453/1‑146 (MQ=255) tGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTctgtcactgt > 5:29261/1‑147 (MQ=255) gAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTctgtcactgtca < 3:343550/147‑1 (MQ=255) gAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTctgtcactgtca < 1:143136/147‑1 (MQ=255) cATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTCTGTCACTGTCAGGAAAg < 7:135391/149‑1 (MQ=255) cAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTCTGTCACTGTCAGGAAAGTgg < 7:190846/148‑1 (MQ=255) | AAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCTGATGTTGTAATTGCATGTATAGAACATAAGGTGTCTCTGGAAGCATTCAGGGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTCTGTCACTGTCAGGAAAGTGG > NC_000913/579878‑580164 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |