| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,046,842 | C→A | 5.1% | T368T (ACG→ACT) | gfcD ← | putative O‑antigen capsule production periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,046,842 | 0 | C | A | 5.1% | 341.7 / 3.0 | 101 | T368T (ACG→ACT) | gfcD | putative O‑antigen capsule production periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/48); new base A (3/3); total (50/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCCCCGACCAAAGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATCGCGTAGCTGAATTTCTGGCGCGTCA > NC_000913/1046695‑1046989 | gCCCCGACCAAAGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCGGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGc < 7:187929/148‑1 (MQ=255) cccGACCAAAGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGAGt > 1:278948/1‑148 (MQ=255) ccGACCAAAGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCa < 2:54315/149‑1 (MQ=255) cGACCAAAGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCAc < 2:350057/149‑1 (MQ=255) cGACCAAAGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCAc > 2:43733/1‑149 (MQ=255) gACCAAAGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACg < 6:160125/149‑1 (MQ=255) aaaGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTaa > 1:213142/1‑149 (MQ=255) aaaGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTaa < 5:34893/149‑1 (MQ=255) aaGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAAt < 2:213142/149‑1 (MQ=255) aaGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCACCAGTTAGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCCCCATATGCTCGCGCTATTGCGTCACGCTAAt > 5:231942/1‑149 (MQ=255) cAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAAtcttc > 1:131255/1‑149 (MQ=255) cAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAAtcttc > 7:95286/1‑149 (MQ=255) aGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAAtcttct < 3:9600/149‑1 (MQ=255) gAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGc < 2:57917/139‑1 (MQ=255) gAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGc > 1:57917/1‑139 (MQ=255) gAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTtctc < 3:252184/149‑1 (MQ=255) aaaGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTtctc > 5:60459/1‑148 (MQ=255) aTCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGc > 4:178213/1‑149 (MQ=255) cAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGcc < 2:361521/145‑1 (MQ=255) cAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTg < 1:171256/148‑1 (MQ=255) aGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGTCGCTGTACCTGCCAGCTGTTAGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCg > 3:241387/1‑149 (MQ=255) aGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCg < 3:347309/122‑1 (MQ=255) aGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCg > 4:347309/1‑122 (MQ=255) aGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCg > 4:307940/1‑149 (MQ=255) aGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCg > 2:147074/1‑149 (MQ=255) gCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCgg > 2:186833/1‑149 (MQ=255) gCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGATACGTCGGTTTCGGTCGTAACCATAGCCATATTCTCGCGCTTTTGAGTAACGCTACTCTTCTCAACGCCTTGAgg > 8:283596/1‑149 (MQ=255) cAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAgg > 2:31963/1‑149 (MQ=255) aaCACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAgg < 2:343190/148‑1 (MQ=255) ttgttgttgCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCa < 8:11457/149‑1 (MQ=255) ttgttgCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCa < 1:43733/149‑1 (MQ=255) gttgCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAg > 8:192456/1‑148 (MQ=255) gCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCTGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAAtcttc < 2:107826/116‑1 (MQ=255) gCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAAtcttc > 1:107826/1‑116 (MQ=255) gCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCACCGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATc > 6:11888/1‑149 (MQ=255) gCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGc > 3:131820/1‑128 (MQ=255) gCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGc < 4:131820/128‑1 (MQ=255) gCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt < 3:307940/148‑1 (MQ=255) gCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt < 1:147074/148‑1 (MQ=255) gCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGtt < 1:31963/148‑1 (MQ=255) gCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTg > 1:68187/1‑149 (MQ=255) ttGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTGTGCGCAGGCTGGCGACGGAGGTTTCGTTAGGCACCATCGCCAACTGCTCGCGCTTATGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCTGCAGTTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGAt < 7:283596/149‑1 (MQ=255) aCCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGa > 2:401447/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGa > 1:148001/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGCTGTACCGGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGGTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGACACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGa < 1:328620/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCAcc > 5:112850/1‑126 (MQ=255) ccAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGAGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCAcc < 6:112850/126‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGAcc > 1:32442/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGAcc > 7:118506/1‑149 (MQ=255) aGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTAtt > 1:60437/1‑120 (MQ=255) aGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTAtt < 2:60437/120‑1 (MQ=255) gcTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACCCCATGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGCTTGGCCCGATCGACCGCTTc > 7:196468/1‑149 (MQ=255) cTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCa < 8:154164/149‑1 (MQ=255) tGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCAc > 7:208512/1‑149 (MQ=255) tGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCGGGCTACGTCGGTTTCGGTAGGCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGGTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCAc < 3:59468/149‑1 (MQ=255) tACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGAGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCAc < 2:278948/147‑1 (MQ=255) tACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGAGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCAc < 6:78294/147‑1 (MQ=255) aCCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCAc > 2:34898/1‑146 (MQ=255) ccTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACgaga < 8:208512/149‑1 (MQ=255) cTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGagag > 5:25158/1‑149 (MQ=255) tGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCa > 1:383684/1‑88 (MQ=255) tGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCa < 2:383684/88‑1 (MQ=255) cAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCAc < 2:68187/149‑1 (MQ=255) aGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACg > 1:367398/1‑149 (MQ=255) tttGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTAtt < 3:178213/149‑1 (MQ=255) tttGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTAt < 8:118506/148‑1 (MQ=255) ttGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTAttt > 3:65019/1‑149 (MQ=255) tGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTAttt < 1:186833/148‑1 (MQ=255) gctggctACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCt > 4:2856/1‑149 (MQ=255) tggctACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGa > 1:27084/1‑149 (MQ=255) ggctACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGAc < 3:2856/149‑1 (MQ=255) gctACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGa < 1:401447/147‑1 (MQ=255) tACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGAc < 1:287738/111‑1 (MQ=255) tACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGAc > 2:287738/1‑111 (MQ=255) cGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCTGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTTGCACGATCGACCGCTTCAAGAGAGTCACTGTATTTGTATTGCTGACCATAc < 4:241387/149‑1 (MQ=255) cGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGa < 1:397589/148‑1 (MQ=255) gTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGt > 3:52725/1‑128 (MQ=255) gTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGt < 4:52725/128‑1 (MQ=255) gTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACa < 2:349170/149‑1 (MQ=255) tCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACa > 4:182881/1‑148 (MQ=255) gTTTCTGTAGTCAGCTTCGCCATATGCTCGCGGTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCGTGCGGCAGGTTATTCAACAGAATCCTGTTGGAACGATCTACCGCTTCACGAGAGTCTCGGTATTTGTATTGCTGACCTGACAtata < 8:196468/149‑1 (MQ=255) gTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGGTATTCACCAGAATCCGGTTGGCGCGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACGTGGCAtata > 4:232491/1‑149 (MQ=255) tttCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGCGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATAc < 6:60459/149‑1 (MQ=255) cGGTCGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAg < 1:191373/148‑1 (MQ=255) gTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAgtgt < 4:65019/149‑1 (MQ=255) tCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTa > 4:166016/1‑149 (MQ=255) aCCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATc > 8:52429/1‑149 (MQ=255) aCCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATc > 5:354680/1‑149 (MQ=255) aCCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATc < 7:192456/149‑1 (MQ=255) ccATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTg < 4:291579/115‑1 (MQ=255) ccATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATCGCGTAGc > 5:302126/1‑149 (MQ=255) cATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCACCGCCTTGCGGCAGGTCATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATCGCGTAg < 2:291589/147‑1 (MQ=255) cATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATCGCGTAGCt > 1:285140/1‑149 (MQ=255) cTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATCGCGTAGCTGAAttt < 7:52429/149‑1 (MQ=255) tCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGCATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATCGCGTAGCTGAATTTc > 1:54934/1‑149 (MQ=255) tCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCa > 7:391489/1‑114 (MQ=255) tCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCa < 8:391489/114‑1 (MQ=255) gCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATCGCGTAGCTGAATTTCTGGCGCGTc > 1:19142/1‑148 (MQ=255) cGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCCCGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATCGCGTAGCTGAATTTCTGGCGCGTCa > 6:105227/1‑148 (MQ=255) cGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATCGCGTAGCTGAATTTCTGGCGCGTCa > 5:82699/1‑148 (MQ=255) | GCCCCGACCAAAGGCAGAAAGATCTTCAGCTTCAACACGTTGTTGTTGCAGTGGCTCTGATTGACCAGGCGCTGTACCTGCCAGCTGTTTGCGCAGGCTGGCTACGTCGGTTTCGGTAGTCACCATCGCCATATGCTCGCGCTTTTGCGTCACGCTAATCTTCTCAACGCCTTGCGGCAGGTTATTCACCAGAATCCGGTTGGCACGATCGACCGCTTCACGAGAGTCACGGTATTTGTATTGCTGACCAGACATATACAGTGTCTTATCGCGTAGCTGAATTTCTGGCGCGTCA > NC_000913/1046695‑1046989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |