| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,707,879 | A→G | 7.9% | intergenic (‑174/+737) | dppA ← / ← proK | dipeptide/heme ABC transporter periplasmic binding protein; dipeptide chemotaxis receptor/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,707,879 | 0 | A | G | 7.9% | 220.6 / 8.3 | 76 | intergenic (‑174/+737) | dppA/proK | dipeptide/heme ABC transporter periplasmic binding protein; dipeptide chemotaxis receptor/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/33); new base G (3/3); total (40/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
GTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCAGAAC > NC_000913/3707733‑3708018 | gttTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAAt < 2:64938/148‑1 (MQ=255) ttttAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCt > 5:193031/1‑149 (MQ=255) tAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGt < 6:191266/148‑1 (MQ=255) ccTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCACGGTCGGGTCAAGGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTCTAACAGTCCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCTTGACCTACAATCTGTCaa > 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gTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGTTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGa < 1:189319/149‑1 (MQ=255) gTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAGTCTGTCAACAGAAtgtg > 1:99192/1‑148 (MQ=255) ggTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGaaaa < 7:5681/149‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGaaaa < 7:101952/149‑1 (MQ=255) gTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAAc > 7:192296/1‑149 (MQ=255) gTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAAc < 6:193031/149‑1 (MQ=255) tCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTc > 8:181742/1‑148 (MQ=255) ccTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACa < 3:80144/148‑1 (MQ=255) cTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGc < 2:122740/149‑1 (MQ=255) cTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGc > 7:151395/1‑149 (MQ=255) 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tgttttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGAtt > 1:1319/1‑149 (MQ=255) tttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTaca < 8:151395/148‑1 (MQ=255) ccGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACg > 3:176909/1‑149 (MQ=255) ggTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGt > 1:9912/1‑149 (MQ=255) gTCGGTTCAACCTTATCAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACACTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACATAAAGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGt > 6:113655/1‑148 (MQ=255) tCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAGTCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTga < 5:222939/149‑1 (MQ=255) tCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTga < 1:213093/149‑1 (MQ=255) aaCGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTga > 7:225817/1‑142 (MQ=255) aaCGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTga < 8:225817/142‑1 (MQ=255) aCGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTTAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCcac < 4:22932/149‑1 (MQ=255) 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aTCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTAtt > 7:164188/1‑149 (MQ=255) tCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAACTGCCCCTCGTGACCTACAATCAGTCAACACAATCTGAAAACGTCAAGACAGCCACCCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTACAAACAGCTAatt > 3:8529/1‑149 (MQ=255) aGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTg > 7:158641/1‑148 (MQ=255) gtgtAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTg > 2:230739/1‑147 (MQ=255) tgtAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTgcag < 2:9912/149‑1 (MQ=255) 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NC_000913/3707733‑3708018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |