| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 579,134 | T→C | 12.7% | intergenic (‑241/+50) | borD ← / ← ybcV | DLP12 prophage; putative lipoprotein/DLP12 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 579,134 | 0 | T | C | 12.7% | 160.1 / 13.8 | 63 | intergenic (‑241/+50) | borD/ybcV | DLP12 prophage; putative lipoprotein/DLP12 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/29); new base C (4/4); total (30/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTG > NC_000913/578987‑579281 | atatTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACAtgtattgta < 4:37180/149‑1 (MQ=255) cAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGTAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGt < 7:219835/149‑1 (MQ=255) aGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGtattat < 1:160967/134‑1 (MQ=255) aGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGtattat > 2:160967/1‑134 (MQ=255) 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aCTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCCGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACAAGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTGATGATTTAGc > 2:62252/1‑149 (MQ=255) cTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCg > 3:102707/1‑149 (MQ=255) tGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTg > 1:194276/1‑148 (MQ=255) ccACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGa > 3:7023/1‑147 (MQ=255) cacaGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGa > 8:185531/1‑146 (MQ=255) 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cTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTg > 3:217735/1‑148 (MQ=255) cTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTa < 4:219476/139‑1 (MQ=255) cTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTa > 3:219476/1‑139 (MQ=255) ttCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGaa > 3:233990/1‑149 (MQ=255) ttCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAACTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGaa > 4:232238/1‑149 (MQ=255) 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tGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGc < 4:7023/147‑1 (MQ=255) tGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGctct < 7:241220/149‑1 (MQ=255) cGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCtctc < 4:23850/149‑1 (MQ=255) gAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGt < 7:185531/149‑1 (MQ=255) tgtCCGGTAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTaaa < 7:129025/149‑1 (MQ=255) 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cATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTg < 6:47303/149‑1 (MQ=255) aTGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTg > 8:215923/1‑148 (MQ=255) gtattgtattATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGAATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGa > 5:229963/1‑148 (MQ=255) attgtattATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGatat > 6:57700/1‑149 (MQ=255) ttgtattATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATAtt > 7:2996/1‑149 (MQ=255) tattatGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTg < 7:215923/148‑1 (MQ=255) | ATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTG > NC_000913/578987‑579281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |