| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,230,550 | A→G | 6.1% | intergenic (‑156/‑217) | hlyE ← / → umuD | hemolysin E/translesion error‑prone DNA polymerase V subunit; RecA‑activated auto‑protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,230,550 | 0 | A | G | 6.1% | 196.1 / 2.9 | 65 | intergenic (‑156/‑217) | hlyE/umuD | hemolysin E/translesion error‑prone DNA polymerase V subunit; RecA‑activated auto‑protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/31); new base G (2/2); total (32/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
GCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCATCTAATTCATAGTTAGCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTATGGCGAATGCTTCTATTCTATTTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGCACAAGATAAGAGAACGAAAAATCAGCAGCCTATGCAGCGACAAATATTGATAGCCT > NC_000913/1230403‑1230695 | gCCTCTTTAAATATATAAATTGTACTGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCATCTAATTCATAGTTAGCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATCAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCa < 3:160149/148‑1 (MQ=255) ccTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCGTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCATCTAATTCATAGTTAGCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCAtt < 5:93495/149‑1 (MQ=255) tttAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCATCTAATTCATAGTTAGCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTAt < 2:85767/147‑1 (MQ=255) aaaTATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCATCTAATTCATAGTTAGCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTATGGCg > 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(MQ=255) ttAGCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTATGGCGAATGCTTCTATTCTATTTTTTAGCCGGGt > 2:132611/1‑108 (MQ=255) gCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTATGGCGAATGCTTCTATTCTATTTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGcc < 4:64763/149‑1 (MQ=255) cgggcgggATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTATGGCGAATGCTTCTATTCTATTTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCAc < 7:34269/149‑1 (MQ=255) gATGCGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTATGGCGAATGCTTCTATTCTATTTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGca > 7:92262/1‑149 (MQ=255) cGTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTATGGCGAATGCTTCTATTCTATTTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGAGCGTCGTCGCCAGAAGGCCACGTGAGCACaa < 4:193284/148‑1 (MQ=255) gTCAATGTCTTTATTTCTATTAATATGATAAATATCAAACAATGTTTAATGTCATTATGGCGAATGCTTCTATTCTATTTTTTAGCCGGGTGATATTTTTCATTTCTGCTGGATGa > 2:223320/1‑116 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |