| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,024,609 | T→G | 5.2% | intergenic (+18/+26) | rcsA → / ← dsrB | transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,024,609 | 0 | T | G | 5.2% | 268.6 / 6.5 | 97 | intergenic (+18/+26) | rcsA/dsrB | transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/54); new base G (2/3); total (40/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
AAGCCAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCAACTG > NC_000913/2024461‑2024756 | aaGCCAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTggtggt < 7:175374/149‑1 (MQ=255)aaGCCAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTggtggt > 4:29787/1‑149 (MQ=255) ccAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTGGTGGTTTc < 6:243626/149‑1 (MQ=255) 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acacATTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCtt < 7:6599/148‑1 (MQ=255) acacATTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCtt < 8:114671/148‑1 (MQ=255) cacaTTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCa < 8:205937/149‑1 (MQ=255) caTTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCAc > 6:106977/1‑148 (MQ=255) aTTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACt > 1:8208/1‑148 (MQ=255) ttCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTa > 2:252543/1‑148 (MQ=255) cTGACTGGTGGGAAACCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAACCCAGGTACATTGTGCCTTCACTaacc > 8:298994/1‑147 (MQ=255) tGACTGGTGGGAAACCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAAct > 3:317052/1‑149 (MQ=255) aCTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAActcc > 6:400842/1‑149 (MQ=255) tggtggTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGGCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGGCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAActcct > 2:218765/1‑148 (MQ=255) gtggtTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCTGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAActcctc < 1:80748/147‑1 (MQ=255) gtggtTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCaa < 5:106977/149‑1 (MQ=255) gtTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCAACTg > 4:183704/1‑149 (MQ=255) gtTTCCCACCAGTAAGTCTGAATAAGATTAATCTGCTTTATAAAAAAAGATACAGTCCTGATGCCCTACTTCATTAAAGAACAAGATTAAGAGCGGGTATTCTTCCAGAGAAACCATGTACATTTTTCCTTCACTAAACTCCTCAACt > 4:57852/1‑148 (MQ=255) | AAGCCAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGCGAAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCAACTG > NC_000913/2024461‑2024756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |