| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 231,964 | T→A | 5.4% | A13A (GCT→GCA) | yafE → | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 231,964 | 0 | T | A | 5.4% | 281.7 / 3.6 | 89 | A13A (GCT→GCA) | yafE | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/36); new base A (2/2); total (49/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
TCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATAACGCATTT > NC_000913/231819‑232111 | tCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACATGGCAGACCAACGTTTGGCGCTgc < 6:240612/148‑1 (MQ=255) ccGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTTGCGCAgcgcca > 8:7169/1‑146 (MQ=255) ccGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCaa > 7:109256/1‑148 (MQ=255) cGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCaaaa < 1:379831/149‑1 (MQ=255) tCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTTGCGCAGCGCCAAACGttg < 7:7169/149‑3 (MQ=255) tCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGa < 3:316247/149‑1 (MQ=255) aaCGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTACGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGGCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAgc < 5:53741/147‑1 (MQ=255) gTCAGTGAAGCGTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGCCAAGCCTGATAAATAAGGAATGTCAGGTCTGCAACAGGGCAGACCAACGTGTGGCGCTCCGCAACACGTGAGCGAggt > 6:178637/1‑149 (MQ=255) gTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGgtggtg < 3:388880/149‑1 (MQ=255) gAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTATTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGc > 3:166258/1‑149 (MQ=255) aaGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTTGCGCAGCGCCAAACGttg < 6:201805/135‑3 (MQ=255) aaGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTTGCGCAGCGCCAAACGttg > 5:201805/1‑133 (MQ=255) gCTTCTGTACTGGGTACGAGAGCTGCCGATCACAATCCGCTTCTAGTTGATTTCAGTCCCGGCAAGCCTGATACATAAGGTATGTCAGGTCTGCGACAGGGCAGAACAACGTTTTGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTa < 2:273282/149‑1 (MQ=255) cTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGGCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTAt < 1:398626/149‑1 (MQ=255) tACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACtt < 1:108800/148‑1 (MQ=255) tACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTa > 3:330933/1‑149 (MQ=255) tACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGACAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGAGCAAACCGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTa > 6:361663/1‑149 (MQ=255) cgcgcgCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGGCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCca < 2:265128/148‑1 (MQ=255) gcgcgcTTCGGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATTAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCTCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCcaca < 5:361663/149‑1 (MQ=255) gcgcgcTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCca > 1:233072/1‑147 (MQ=255) 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aTCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGca < 7:53781/149‑1 (MQ=255) tCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGca > 4:157349/1‑148 (MQ=255) cGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCTCAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTTCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACaa < 5:181078/149‑1 (MQ=255) ttCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGc < 4:166258/148‑1 (MQ=255) gTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGcc < 5:157777/147‑1 (MQ=255) 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cGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTg > 7:54826/1‑148 (MQ=255) ggCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGaa < 1:373705/149‑1 (MQ=255) ggCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGa > 3:44901/1‑148 (MQ=255) ggCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCCGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGGGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGaa < 5:148742/149‑1 (MQ=255) gCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAat > 5:266016/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |