| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,281,021 | G→A | 7.4% | pseudogene (321/375 nt) | agaW → | pseudogene, N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS;enzyme; Central intermediary metabolism: Amino sugars; PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,281,021 | 0 | G | A | 7.4% | 255.3 / 7.3 | 81 | pseudogene (321/375 nt) | agaW | pseudogene, N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS;enzyme; Central intermediary metabolism: Amino sugars; PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/42); new base A (3/3); total (36/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
GTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGATGCTGGTGCCGACGGCCTGGTGCATTGCTATAACGGGATGACAGGTTTACATCACCGCGAACCGG > NC_000913/3280875‑3281167 | gtgtGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGa < 5:248327/148‑1 (MQ=255)gtgtGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGAt > 6:58936/1‑149 (MQ=255) tgtgGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATg > 2:63220/1‑149 (MQ=255) tgGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATggg < 4:62845/149‑1 (MQ=255) gATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATggg > 1:319378/1‑147 (MQ=255) gATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATggg < 2:319378/147‑1 (MQ=255) ggCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGGGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAAATGGGGATTAcc > 5:67544/1‑149 (MQ=255) ggCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAAATGGGGATTAcc > 1:31257/1‑149 (MQ=255) ggCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAAATGGGGATTAcc > 5:72350/1‑149 (MQ=255) gCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCt < 1:294660/149‑1 (MQ=255) gCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCt < 4:150693/149‑1 (MQ=255) gCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCt < 3:87946/149‑1 (MQ=255) gCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCt < 1:87156/149‑1 (MQ=255) gCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCATAACGGGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCt < 8:168136/149‑1 (MQ=255) 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cGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGtctc < 7:290240/149‑1 (MQ=255) gTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCg > 5:135475/1‑149 (MQ=255) ttATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGc < 6:310573/149‑1 (MQ=255) ggTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCt < 8:187003/149‑1 (MQ=255) gTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGGCGCAGTACAGATTGGGATTACCTTCCTGTTCGCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTg > 5:250075/1‑149 (MQ=255) 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aCGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCcgcg > 7:310055/1‑149 (MQ=255) cGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGCTGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCgcgc > 1:261856/1‑149 (MQ=255) tttGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCAt < 6:40461/149‑1 (MQ=255) tGCCATTACTACTTGCGGGAAACCCGATGTCGCAGTAGGGGGCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGGCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCAtt < 6:250075/148‑1 (MQ=255) ccATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGa < 5:11215/149‑1 (MQ=255) 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ccTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGATGCTGGTGCCGACGGCCTGGTGCATTGCTATAACGGGATGACAGGtt > 2:224409/1‑149 (MQ=255) ccTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGATGCTGGTGCCGACGGCCTGGTGCATTGCTATAACGGGATGACAGGtt < 8:310055/149‑1 (MQ=255) cTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGATGCTGGTGCCGACGGCCTGGTGCATTGCTATAACGGGATGACAGGttt < 1:71720/149‑1 (MQ=255) cAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGATGCTGGTGCCGACGGCCTGGTGCATTGCTATAACGGGATGACAGGTTTACATCACCGCGAACCgg < 5:224837/149‑1 (MQ=255) | GTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGATGCTGGTGCCGACGGCCTGGTGCATTGCTATAACGGGATGACAGGTTTACATCACCGCGAACCGG > NC_000913/3280875‑3281167 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |