| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,483,043 | C→A | 5.7% | intergenic (‑183/‑18) | azoR ← / → hrpA | NADH‑azoreductase, FMN‑dependent/putative ATP‑dependent helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,483,043 | 0 | C | A | 5.7% | 338.3 / 5.5 | 98 | intergenic (‑183/‑18) | azoR/hrpA | NADH‑azoreductase, FMN‑dependent/putative ATP‑dependent helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/49); new base A (3/3); total (46/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTTGCTTGTTGACACTTTATTCACAATCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTGAAGAAGGTTAAAAATCCTGATGCAC > NC_000913/1482897‑1483187 | cGTTGCTTGTTGACACTTTATTCACAATCCTTCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAATAAAATTAATCAGGCAGacta < 1:58641/149‑1 (MQ=255)cGTTGCTTGTTGACACTTTATTCACAATCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGacta > 5:126887/1‑149 (MQ=255) gTTGCTTGTTGACACTTTATTCACAATCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTAc > 6:289054‑M2/1‑148 (MQ=255) gTTGCTTGTTGACACTTTATTCACAATCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTGCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTAc > 4:150915‑M2/1‑148 (MQ=255) ttgttgACACTTTATTCACAATCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTActgcc < 8:223339‑M2/148‑6 (MQ=255) ttgACACTTTATTCACAATCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCAc < 7:223339/148‑1 (MQ=255) cacTTTATTCACAATCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACg > 1:318604/1‑149 (MQ=255) acTTTATTCACAATCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGt > 6:87823/1‑149 (MQ=255) acTTTATTCACAATCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGt > 8:149245/1‑149 (MQ=255) 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> 2:145170/1‑149 (MQ=255) aaTCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATTTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGaac < 2:304205/149‑1 (MQ=255) aaTCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGaa > 1:35225/1‑148 (MQ=255) tCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGaacaa < 7:268634/149‑1 (MQ=255) cTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGaacaac < 1:145170/148‑1 (MQ=255) tGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAacaaca > 8:52264/1‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) cGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGAtt > 5:121371/1‑149 (MQ=255) gAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGAtt < 5:87823/148‑1 (MQ=255) gAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGATATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGAGGCTGGATTc > 5:308254/1‑149 (MQ=255) aaTTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGTAGTctgcctgattaattttcttttaa < 4:205880‑M2/103‑24 (MQ=255) aaTTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGTAGTctgcctgattaattttcttttaa > 3:205880‑M2/1‑80 (MQ=255) aattATTGAACAACGCATATAAAGCCGCTATGTCGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACATTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGc < 3:71450/147‑1 (MQ=255) 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tatcATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGt > 2:260549/1‑149 (MQ=255) tatcATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGt > 7:99411/1‑149 (MQ=255) tcATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTga < 4:339680/149‑1 (MQ=255) ttAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCTGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGATTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTgaag > 3:251478/1‑147 (MQ=255) tAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTgaagaa < 8:26862/148‑1 (MQ=255) tAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTATGCAATGCGTgaagaa < 2:223650/148‑1 (MQ=255) aaaaGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTGaagaag < 5:88248/148‑1 (MQ=255) aGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTGAAGAAGGTTa < 3:182969/149‑1 (MQ=255) gAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGt > 8:288839/1‑102 (MQ=255) gAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGt < 7:288839/102‑1 (MQ=255) aaaTTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTGAAGAAGGTTaaaa < 7:149245/149‑1 (MQ=255) aaaTTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTGAAGAAGGTTaaaa < 4:254129/149‑1 (MQ=255) aTCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTGAAGAAGGTTAAAAATCCt < 3:75133/148‑1 (MQ=255) tCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTGAAGAAGGTTAAAAATCCTGa < 8:288207/149‑1 (MQ=255) aGGCAGACTACTGCTCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTGAAGAAGGTTAAAAATCCTGATg > 1:52487/1‑149 (MQ=255) aGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTGAAGAAGGTTAAAAATCCTGATGcac > 2:349310/1‑148 (MQ=255) | CGTTGCTTGTTGACACTTTATTCACAATCCTGCCACAGAGATAGCGCAATAAATCGAAGCCTATGTTCGAATTTATTGAACAACGCATAGAAAGCCGCGATGTGGTACTCTATATCTATCATTTAAAAGAAAATTAATCAGGCAGACTACTGCCCACTAACGTTATGACAGAACAACAAAAATTGACCTTTACGGCCTTGCAGCAGCGGCTGGATTCGCTGATGCTGCGTGACAGACTGCGTTTTTCTCGCCGTCTGCACGGCGTGAAGAAGGTTAAAAATCCTGATGCAC > NC_000913/1482897‑1483187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |