| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,996 | G→T | 27.0% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 27.0% | 63.5 / 5.7 | 41 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/13); new base T (4/7); total (21/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATT > NC_000913/2560854‑2561139 | tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 5:18797/149‑1 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTAAAGGtt > 3:354018/1‑148 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGGTAAGGT‑gg > 3:313098/1‑149 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGt < 7:396002/149‑1 (MQ=255) tACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGTG‑GGGTCaa > 1:162286/1‑148 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGTGTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGG‑GTGTCAAAAGt > 3:314494/1‑149 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATTATGTTTGGTAAAAATATGAATTTAAGGA‑GGGGCaaattt > 8:288080/1‑146 (MQ=255) aGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTTTGTTGGGTCATATTTTGACTTTAAGGA‑GGGTGAAAAg > 1:348902/1‑147 (MQ=255) tattttTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGTTATCAGGCGTGCAATTTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGc < 4:257493/148‑1 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGACTGGTGGGTAAAATGATGCATTGAAGGA‑GTGTCAAAAGTTgaagta > 4:219407/1‑143 (MQ=255) ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 6:326176/149‑1 (MQ=255) tCAATCCGTAAAACATGAAATATCGTAATCAGTCGTGCAATGATCCCGCCTTTTCTTGTCCTTAATTAAATGTATTCTGGTGGTTAAATAGAAGCCGTTTTTGGTGGGTAAAATGTAGGAGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 2:162286/149‑1 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGT‑GGGTAAAAAGTTGCAGTGaac > 7:384409/1‑148 (MQ=255) gAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATTTTCCGGCCTTTTGTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGcc < 5:263574/127‑1 (MQ=255) aaaTAACGGAATCAGTAGGCCATTTTTCCCGCCTTTTGTTTGCCTTAAATCCATGAATTCAGGCGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc < 1:115388/148‑1 (MQ=25) aaCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGT‑GGGTCAAAAGtt < 2:138427/119‑1 (MQ=255) aaCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCATTAAGGT‑GGGTCAAAAGtt > 1:138427/1‑119 (MQ=255) aCGGAATCAGCCGCGCAATGTTCCCGCCTTTGCTTTTCCTTAAATCCATGAATTCAGGTGGGTGAAAAGTTTCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTACTGT‑GGGTCAAAAGTTGCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt < 5:101085/148‑1 (MQ=37) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGATCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGGCAAAATTTGAAGAGAAAGAATTCTACTATTAAGAAtta > 1:375312/1‑147 (MQ=37) gCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGG‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCTAGTAAGCAGTCGACTATTTAGAATTCTAg > 7:322375/1‑149 (MQ=37) ttttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTAAAAAGTTGCCGTAAAGGT‑GGGTCAAAATTTTGAGTTAAGGTGGATGAAAAGTTGCCGAGAAAGAATTCTACAATTAAGAATTCAAGGc > 6:220056/1‑148 (MQ=37) cgTCAAAATTTCCCTTTAGTGGGTGGACTTAAGTCG‑CGTTAAATTCGGTTCAAAAGTTTCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATa < 5:296770/148‑1 (MQ=255) taaaaaGATGGCCTTAGTGGTGGGTAACAACCTGCCGTTAATTT‑GGGTCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 7:288080/147‑1 (MQ=37) tCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGAAGTTAAGGTGGGTCAAAATTTTCAGAGTAAGAATTCTACAATTAAGAATTCTAGGAGTCGTGAATTTTTTATAATACCTGTCGGTCATa > 2:360377/1‑147 (MQ=21) aaaaTTTGCCGTTACTGGGGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 3:219407/149‑1 (MQ=255) tcccGTTTATGGTGGGTCAAAACCTGCCTTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc < 4:314494/147‑1 (MQ=38) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc > 1:163392/1‑147 (MQ=255) cGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc > 7:212039/1‑146 (MQ=255) acttcgtggtgGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTa < 8:322375/143‑1 (MQ=255) gttttgTCATATGTTGCCTTTTAGTT‑GGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa < 2:375312/144‑1 (MQ=255) gtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 8:265496/1‑148 (MQ=255) gtggGTAAAATGTTGCCGTTACTGT‑GGGTCAAAAGTTTCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa < 1:70001/148‑1 (MQ=38) gggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 8:217890/1‑146 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 4:283117/1‑147 (MQ=255) ctCAAACGTTGCCTTTAAGTT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaa < 5:220056/148‑1 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTATGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 6:76169/1‑146 (MQ=255) aaatGTCGCCTTTAATGT‑GGGTCAATAGTATCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa < 7:6452/149‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGtt < 7:217011/138‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGtt > 8:217011/1‑138 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTATACAATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGGCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAgaagaa > 3:54472/1‑149 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAat < 5:76169/149‑1 (MQ=255) gTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattatt < 6:367923/144‑1 (MQ=255) gTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattatt > 5:367923/1‑144 (MQ=255) | TGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGT‑GGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATT > NC_000913/2560854‑2561139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |