| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,614,751 | T→C | 5.0% | intergenic (‑48/‑53) | sad ← / → yneJ | succinate semialdehyde dehydrogenase, NAD(P)+‑dependent/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,614,751 | 0 | T | C | 5.0% | 246.0 / 2.9 | 79 | intergenic (‑48/‑53) | sad/yneJ | succinate semialdehyde dehydrogenase, NAD(P)+‑dependent/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/33); new base C (2/2); total (44/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
CGTTTTCGATATCGTCAGCGCCAGCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCT > NC_000913/1614604‑1614898 | cGTTTTCGATATCGTCAGCGCCAGCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCGCCTTTATTAGTCATGGTATGAATATACGCAGATTTAct > 2:221272/1‑148 (MQ=255)cGTGTTCGATTTCGTCTGCGCCAGCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAAGGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTAct < 6:109149/148‑1 (MQ=255) tttCGATATCGTCAGCGCCAGCCCACGGTAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCtt > 4:173379/1‑148 (MQ=255) tatCGTCAGCGCCAGCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCttt > 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tCAGCGCCAGCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGGGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATg < 6:302282/148‑1 (MQ=255) ccAGCCCACGTCAGCACAGAATTTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGaataat < 5:41930/148‑1 (MQ=255) ccAGCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGaataa > 8:159500/1‑147 (MQ=255) cgCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTGGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCAGGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTCAAAATGAATActat > 4:326213/2‑148 (MQ=255) cccACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATAtt > 7:184924/1‑147 (MQ=255) 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caGAAAGTTGTTCACACGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACCCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTAtt > 7:159205/1‑147 (MQ=255) aGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGGATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCAGGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCa > 1:210290/1‑148 (MQ=255) aGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCa < 7:320008/148‑1 (MQ=255) ttCACCCGTGTCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga < 4:83266/147‑1 (MQ=255) cACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCgaga < 2:49477/147‑1 (MQ=255) 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ggCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATg > 8:322978/1‑148 (MQ=255) gCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATgg < 5:275422/148‑1 (MQ=255) ggATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCGTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATc < 2:233950/148‑1 (MQ=255) aTTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATTGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTg < 4:149682/148‑1 (MQ=255) gCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGgag < 8:368916/147‑1 (MQ=255) cATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGAt > 1:335165/1‑148 (MQ=255) aTGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATg > 1:224764/1‑148 (MQ=255) tGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGt < 4:360418/148‑1 (MQ=255) tGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGt > 7:107973/1‑148 (MQ=255) tGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGt > 4:103036/1‑148 (MQ=255) 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ctctTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAAt < 2:335165/147‑1 (MQ=255) tctTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAAtct > 3:192702/1‑148 (MQ=255) | CGTTTTCGATATCGTCAGCGCCAGCCCACGGCAGCACAGAAAGTTGTTCACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCT > NC_000913/1614604‑1614898 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |