| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,996 | G→T | 23.2% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 23.2% | 81.0 / 6.9 | 52 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/21); new base T (8/5); total (26/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTC > NC_000913/2560851‑2561141 | gAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAACTCACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 5:241296/148‑1 (MQ=255) aGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 4:118398/148‑1 (MQ=255) gTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 5:222867/148‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg > 5:117099/1‑148 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg > 7:219556/1‑148 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 2:245753/148‑1 (MQ=255) aCCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTAAAATTTTGCATTAAAGGAGGGTCaa > 8:12854/1‑147 (MQ=255) aCCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGAGTGTCaat > 3:153467/1‑147 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 3:332666/147‑1 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGTCAATGTTCCCGCATTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTTAGGTGTGTCAAAATTTGCAGTTAAGGTGTGTCAATAGttt > 1:147831/1‑146 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGTTTTGTCAAAATTTGCCGTTAAGGAGGGTCAATATTTg > 3:151843/1‑147 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGAGGAGGGTCAAAAGTTGCCGTAAAGGGGGGGCCAGAGTTgg > 1:142388/1‑147 (MQ=39) cAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTCAAATGTTCACTTGAAGGAGGGTCAAATGTTGcagggtag > 5:45716/1‑141 (MQ=255) aaGCCGTACAACATGAATTAACGGAATCAGTCGTGCACTTTTACCGCCTTTTCTTTTCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTAAAAAGTCGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 6:117099/148‑1 (MQ=37) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTTGGTCAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTAAAAAGTTTACGTAAAgg > 4:5115/1‑148 (MQ=255) aaGCAGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCTTGCAATGTTCACGCCTTTTCTTTGCCTTTATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 6:100621/148‑1 (MQ=255) ccGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTACCCGCCTTTTCTTTGCCTAAATTCCATGAATTCAGGTGCGTCAAAAGTTGACGTTAAGGGAGGGTCAAAAGTTGCCGTTAACGGCGGTCCAAAGTTGCAGATTAGGTgg > 3:10007/1‑148 (MQ=37) ggAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTGAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCagagg > 3:228027/1‑145 (MQ=255) cAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGACTTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTGAAAAGTTGCCTAGTAAGAATTGTAatat > 1:338805/1‑147 (MQ=37) ttacagCCTTTACTTTTCCTTAAATAAATGAATTCAGGCGGGTCAAAAGAAGCCGTTAGCGTTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGTCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGa < 5:212467/142‑1 (MQ=25) agctcGCCTTTTCTTTGCCTTAATTATATGAAGTCTGGTGGGTAAATTGTTGGGGTTATTGGTGGGTCAACTGGTGCCGTTTCTGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGa < 8:143351/143‑1 (MQ=21) ccGCCTTTTGTTTGCCATAATTCCATGAATTCAGGGGGGTCAAAAGTTGCGGTTAGTGGTGGGTAAATAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAAtt < 7:186417/147‑1 (MQ=38) ccTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTTAAGTTTAGGTGGGTGTAAATTTTACTAGTAAGAATTCGGCTATTAAGAATTCTAg > 7:36604/1‑148 (MQ=25) ccTGTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTCGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAg < 7:310632/148‑1 (MQ=255) tttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGGCAAATTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTTAGAATTCTAGGCg > 5:74488/1‑148 (MQ=38) tttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGAGTGTCAATATTTGCCGTGAATGTGGGGCAAAATTTGCCTAGGAAGACTTCTACTATTAAGAATTGTAGGCg > 5:45686/1‑148 (MQ=25) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATACAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATACAGGTTGGTCAAAATTTGCATTTAAGGAGAGTCAAAATTTTAATTGAACGTGTCTGAAAATTTGACGAGGAAAGATTCAACAATTATAAATTATACGCGa > 2:7209/1‑148 (MQ=255) gCCTTAACTCCTTGAATTCATGTGGGTAAAAAGTTGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGa < 6:74488/147‑1 (MQ=37) aTTCCATGACGTCAGTCGGGTCAAAAGACGCCGTTACTGGGGGTCCAAACCTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGttttt < 7:205558/147‑1 (MQ=25) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGGCAAAAGTTGAAGTTAAGGTGGCGGAAATTTTGACGAGAAAGCATTCTACAATTAAGAATTCTAGGCGACGGGATATTTGTAgac > 2:304323/1‑146 (MQ=21) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGGGGGTCAAAATTTGCAGATTAGGTGTGTGTAATGTTGACGAGTATTCATTGTTATATTAAGAATTCTACGCGACGGGAGTTTTTTataatt > 4:39162/1‑143 (MQ=16) agtctgctGGGGCAAACGTTGCCGTTAGTGGTTGCGCAAAAGTAGCCGTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTccc < 7:185661/140‑1 (MQ=37) caccgTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 7:33059/143‑1 (MQ=255) aaaaTTCGCCGTTATTGGGGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGTTGGCTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagag < 2:382849/148‑1 (MQ=38) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTAATATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTACAGGTCGGTCATata > 3:2409/1‑144 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGGAAAATTTGCCGAGAAAGAATTCTAATATTAAGAATACTAGGCGGAGGGAGTTTTTTAGCGTCGCGGTCTGTCATagagcg > 6:245173/1‑146 (MQ=25) gTTAGGTGTGGGTCAAAAGTAGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 3:45796/148‑1 (MQ=255) tttttggGTAAATAGATGCCTTTTATTTGGGTAAATTGTTGCAGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGt < 2:224174/143‑1 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGTCAAAAGTTGCCGTGTATGAATTCTACTATTAAGAATTATAGTCGACGGGAGTTTTTTATCCTACCGGTCGGTCATAGAGAGTCGACTAGAGTTa > 5:229287/1‑147 (MQ=37) gggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGGCGGTCATAGAGAGTCGGCTAGAGTTaaa > 8:109348/1‑146 (MQ=255) ggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 6:296869/1‑145 (MQ=255) gtaaaaaGTTGCCGTTAAGTTGGTTCAACAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACaga < 3:5115/145‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACaga < 5:296869/148‑1 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggt > 6:320080/1‑115 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggt < 5:320080/115‑1 (MQ=255) caaaaaGTTGCCTTTAAGGTTGGTCAAACTTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACaga < 4:2409/145‑1 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAg > 2:376388/1‑87 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAg < 1:376388/87‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa < 7:188358/139‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 8:188358/1‑139 (MQ=255) ccGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTc < 5:245173/148‑1 (MQ=255) ccGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTAttt < 2:338805/147‑1 (MQ=255) | GAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTC > NC_000913/2560851‑2561141 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |