| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 579,127 | 0 | T | C | 98.7% | 10270.1 / 31.5 | 3609 | intergenic (‑234/+57) | borD/ybcV | DLP12 prophage; putative lipoprotein/DLP12 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/28); new base C (1743/1792); total (1774/1835) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 3875 total aligned reads displayed.
ATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTG > NC_000913/578980‑579273 | ttAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTTCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGATGCACACATTGTTTAGCGCTTACAcgtattg > 4:211953/1‑149 (MQ=255) ttAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACAcgtattg > 6:27596/1‑149 (MQ=255) atatTTCTTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGACCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGCTGCACACAGGGTTTAGCGCGTACAcgtattgcat < 5:334147/149‑1 (MQ=255) atatTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACAcgtattgcat > 4:28077/1‑149 (MQ=255) tatttattAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACgtattgcatt < 6:16427/149‑1 (MQ=255) tatttattAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACgtattgcatt < 3:216647/149‑1 (MQ=255) tttattAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGGGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGATGCACACAGGGTTTAGAGCGTACACGTATTGcattat > 1:27896/1‑149 (MQ=255) tttattAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGCCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGcattat < 2:10942/149‑1 (MQ=255) 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2:323804/1‑149 (MQ=255) caGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAat < 7:387730/149‑1 (MQ=255) aGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGACCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAata > 2:218902/1‑149 (MQ=255) aGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGACAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATAAAAGGTATAGTAata > 5:113616/1‑149 (MQ=25) ggTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATg > 8:327055/1‑106 (MQ=255) ggTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATc < 7:359431/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |