| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 579,540 | T→C | 100% | N19D (AAC→GAC) | ybcV ← | DLP12 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 579,540 | 0 | T | C | 98.6% | 14050.5 / 53.2 | 4910 | N19D (AAC→GAC) | ybcV | DLP12 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/42); new base C (2384/2427); total (2433/2477) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.09e-02 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4912 total aligned reads displayed.
GAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACAATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACATTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGA > NC_000913/579392‑579688 | ttAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATc > 2:67375/1‑149 (MQ=255) aaCATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTATATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGAAGTGAATATTATCTGTGGCTAGATATTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCtt > 2:301053/1‑149 (MQ=255) aCATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCttt > 2:253237/1‑149 (MQ=255) aCATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGGTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCttt < 2:276425/149‑1 (MQ=255) cATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCtttt < 3:92673/149‑1 (MQ=255) aTTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACTATGTGAATATAATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACATTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCTTTTc < 6:237670/149‑1 (MQ=255) aCAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCGGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCTTTTCGCAc > 5:122316/1‑149 (MQ=255) cAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCTTTTCGCAc < 2:372815/148‑1 (MQ=255) 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acaGTCTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTTAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGTTTCAATCTGGTCTGACCTCCTTGTGTTttgtt < 3:132073/149‑1 (MQ=255) | GAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACAATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACATTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGA > NC_000913/579392‑579688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |