| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,900,088 | Δ1 bp | 5.2% | coding (1498/1557 nt) | yoaE ← | putative membrane protein/conserved protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,900,088 | 0 | A | . | 5.2% | 251.0 / 6.0 | 77 | coding (1498/1557 nt) | yoaE | putative membrane protein/conserved protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/35); new base . (2/2); total (40/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
CCAAATGGCTGGCGGGCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCCGCGACCGTCGCGATATCATCGTCATCGGCAAGGTGCTCAACATCAAGCGCCT > NC_000913/1899949‑1900234 | ccAAATGGCTGGCGGGCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTgg < 5:330389/148‑1 (MQ=255) aaTGGCTGGCGGGCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCCCGCCCAGTATGCCGTTACGTTAACGCGGACTCATCTGCATCGTGCGCCGGTTGCTCGTTAACAATGCGCACCAGCTGAACACGATAATCATTGGcgt > 5:212649/1‑146 (MQ=255) tggctggcGGGCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCa < 8:186146/148‑1 (MQ=255) ggcGGGCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTACCAATGCGAACCAGAGCAACACGATAAGCATTGGCTTCAatgat > 5:127727/1‑148 (MQ=255) ctggCAGCCAACCGCCGCCCGCCAGGCATAATGTACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTTAGACTTTTGCTATTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATgg < 4:128277/146‑1 (MQ=255) ggCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCACGCCCCTTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGATCCGGTTGCTCTTTAACTATTCTAACGAGATCTACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTg < 8:172749/148‑1 (MQ=255) gCAGCCAACCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTTTTTTTTTTTATTTTTAACTATTCGAACGAGATCTACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGa < 2:44683/148‑1 (MQ=255) aCCGCCGCCCGCCCGGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAg > 3:224684/1‑148 (MQ=255) cgcccgccCGGCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGcc > 6:394616/1‑148 (MQ=255) cgGCATAATGGACAAATCACGACCATTATTCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCTTTCTTTTGTTTCTTTTTACCAATTCGATCTAGATCTACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACatca < 6:167364/148‑1 (MQ=255) ggCATAATGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACatcaa < 2:435510/148‑1 (MQ=255) ggCATAATGGACATATCAAGCCCATTATGCCGTTACGTTTACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGGTGCTCTTTAACAATGCGAAACAGCTCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACatca > 8:419434/1‑147 (MQ=255) aTGGACATATCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACAt > 7:49025/1‑148 (MQ=255) atatCACGCACATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATAGTGCGCCGGTTGCTATTTAACAATACTAAAGAGATCAACACTATAATCATTGGATTCAATGTTGGTTATATGCAGTGGcc > 7:307855/1‑127 (MQ=255) atCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTAc < 6:377459/129‑1 (MQ=255) atCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTAc > 5:377459/1‑129 (MQ=255) atCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCcaca > 3:49169/1‑148 (MQ=255) tCACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCacac > 1:113705/1‑148 (MQ=255) cACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGc > 1:346289/1‑116 (MQ=255) cACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGc < 2:346289/116‑1 (MQ=255) cACGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACg > 3:90428/1‑148 (MQ=255) aCGCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACgg > 8:89798/1‑148 (MQ=255) cGCCCAATATCCCGATAAGTTAACGCTTACTCATCTTCATAGTGCGCCGGATGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAAGGATGGTCATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACggg > 4:123046/1‑148 (MQ=255) gCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCaa > 4:216466/1‑99 (MQ=255) gCCCATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCaa < 3:216466/99‑1 (MQ=255) ccATTCGGCCGGTACGTGCACGCTTACGCCTCTTCCTCGTGCGCCGGTTGCTCTGTAACACTGCGAACCAGATCACCCCGAAACTCCTTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGCGGaa < 6:212649/148‑1 (MQ=255) ccATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGGGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGAAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGaa < 2:193775/148‑1 (MQ=255) ccATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGccc < 1:432913/138‑1 (MQ=255) ccATTATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGccc > 2:432913/1‑138 (MQ=255) tATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGat < 5:407623/103‑1 (MQ=255) tATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGat > 6:407623/1‑103 (MQ=255) tATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAg > 5:93933/1‑109 (MQ=255) tATGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAg < 6:93933/109‑1 (MQ=255) aTGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAAtgtg < 2:113705/147‑1 (MQ=255) tGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAatgatg > 1:88239/1‑96 (MQ=255) tGCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAatgatg < 2:88239/96‑1 (MQ=255) gCCGTTACGTTAACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGAc > 2:135789/1‑147 (MQ=255) cgttacgttaACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGCTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAAACATTGGCTTCAATGATCATGATATGCAGTGGCCCTAAATCAATCACATGGACCACACAGGGAATGTGACCAt > 2:233903/1‑148 (MQ=255) tacgttaACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGTTAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTg > 4:101114/1‑148 (MQ=255) cgttaACGCTTACTCATATTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATAAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCACACACGGGGAATGTGACCATTTGcc > 1:407873/1‑148 (MQ=255) gttaACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGcc > 4:361042/1‑147 (MQ=255) ttaACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGcc > 1:199009/1‑146 (MQ=255) ttaACGCTTACTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGcc > 8:296917/1‑146 (MQ=255) cTTACTGATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTATTTAACAATGCGAACCAGATCAAGACGTTAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCAc < 2:407873/148‑1 (MQ=255) aCTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGt < 1:420544/89‑1 (MQ=255) aCTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGt > 2:420544/1‑89 (MQ=255) aCTCATCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGa < 4:90428/147‑1 (MQ=255) tCTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCcg > 2:837/1‑148 (MQ=255) cTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATcac > 3:32268/1‑100 (MQ=255) cTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATcac < 4:32268/100‑1 (MQ=255) cTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACGTCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCcgc > 2:440732/1‑148 (MQ=255) cTTCATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCcgc > 3:114882/1‑148 (MQ=255) cATCGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGCACAAGATCCACACGATAATCATTGGCTTCAATTATGGTGATATGCAGTTGCCCTACATCAATCACCTCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCcgc < 1:333400/145‑1 (MQ=255) cGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACACTGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGat < 1:396938/70‑1 (MQ=255) cGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGat > 2:396938/1‑70 (MQ=255) cGTGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCCGCGACCGt > 3:222783/1‑148 (MQ=255) tGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCCCGAGGCCCGCGACCGTcg < 4:224684/148‑1 (MQ=255) tGCGCCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCCGCGACCGTcg < 7:296917/148‑1 (MQ=255) cgcCGGTTGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCCGCGACCGTcgcg < 5:394616/148‑1 (MQ=255) ttGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATa < 4:123569/36‑1 (MQ=255) ttGCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATa > 3:123569/1‑36 (MQ=255) gCTCTTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCCGCGACCGTCGCGATatcat < 1:135789/147‑1 (MQ=255) ctTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACg > 2:439244/1‑119 (MQ=255) ctTTAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACg < 1:439244/119‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tAACAATGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCCGCGACCGTCGCGATAtcatcgtcat < 8:143554/147‑1 (MQ=255) tGCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCCGCGACCGTCGCGATATCATCGTCATCGGCAAg > 8:400042/1‑148 (MQ=255) gCGAACCAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCCGCGACCGTCGCGATATCATCGTCATCGGCAAgg > 5:363167/1‑148 (MQ=255) cAGATCAACACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCCGCGACCGTCGCGATATCATCGTCATCGGCAAGGTGCTCa < 2:199009/148‑1 (MQ=255) aaCACGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCACTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACGAGGCCCGCGACCGTCGCGATATCATCGTCATCGGCTAGGTGCTAAACATCa < 3:361042/148‑1 (MQ=255) acacGATAATCATTGGCTTCAATGATGGTGATATGCAGTGGCCCTACATCAATCACATCGCCCACACGGGGAATGTGACCATTTGCCGAGATCACg < 1:310371/96‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |