| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,622,975 | C→G | 5.6% | V292V (GTG→GTC) | dgcZ ← | diguanylate cyclase, zinc‑sensing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,622,975 | 0 | C | G | 5.6% | 292.0 / 5.7 | 85 | V292V (GTG→GTC) | dgcZ | diguanylate cyclase, zinc‑sensing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/45); new base G (2/3); total (37/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
AAACCGGCGGTGAATGCTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATGC > NC_000913/1622833‑1623122 | aaaCCGGCGGTGAATGCTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACAtt > 2:327272/1‑148 (MQ=255) aaCCGGGGGTGAATGCTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTAAAACTCGGTTAATCACAttt > 5:359413/1‑148 (MQ=255) cggcggTGAATGCTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGt > 5:284357/1‑148 (MQ=255) ggcggTGAATGCTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACTGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGtt < 1:251219/148‑1 (MQ=255) cggTGAATGCTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTTCGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGTATCGTTGACTCAGTAGCATCAGTATTCTCAATGAATGTTTAACGGAGCTTAAACTCGGGTACTCACATTTTGTTCg > 2:105714/1‑148 (MQ=255) tGAATGCTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTc > 5:194478/1‑147 (MQ=255) aaTGCTTGCATGGATTGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCaa < 7:325122/147‑1 (MQ=255) aaTGCTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCaa > 7:344508/1‑147 (MQ=255) cTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATaaa < 3:380153/147‑1 (MQ=255) cTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATaaa < 2:392656/147‑1 (MQ=255) cTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAAc < 3:270537/148‑1 (MQ=255) aTGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCa < 6:284357/148‑1 (MQ=255) ggATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCTCTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACAtttt < 8:390507/127‑1 (MQ=255) ggATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACAtttt > 7:390507/1‑127 (MQ=255) aTAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGa > 6:354218/1‑148 (MQ=255) aTAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGa > 8:172820/1‑148 (MQ=255) ttGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATttctt > 4:360236/1‑148 (MQ=255) tgtgTTTTGCTTTTACTCTTACAGGCATTTTGCTGCACTGATAACGAATGGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGTATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCAAATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATttctt < 5:378346/147‑1 (MQ=255) tgtgTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATttctt > 6:257801/1‑147 (MQ=255) tgtgTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATttctt < 7:293068/147‑1 (MQ=255) tgtgTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATttctt < 5:263806/147‑1 (MQ=255) tgtgTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATttctt < 5:257801/147‑1 (MQ=255) tgtgTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATttctt > 6:263806/1‑147 (MQ=255) tgtgTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATttctt < 2:48878/147‑1 (MQ=255) gtTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCgg > 2:437664/1‑148 (MQ=255) ttttGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGt < 7:164878/148‑1 (MQ=255) tttGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGtt > 7:214938/1‑148 (MQ=255) tGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGttt < 2:80163/147‑1 (MQ=255) cTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCt < 5:146996/148‑1 (MQ=255) ttACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTAAATAAACATGAAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTAc > 2:114564/1‑148 (MQ=255) aCGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTAcc < 8:214938/147‑1 (MQ=255) gCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTc < 3:351862/148‑1 (MQ=255) aaCAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCAt > 3:75418/1‑147 (MQ=255) ccAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGACTCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTGGCTTACCCTCATAc < 6:52885/147‑1 (MQ=255) aCAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAAc > 4:204377/1‑112 (MQ=255) aCAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAAc < 3:204377/112‑1 (MQ=255) aCAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCa < 4:75418/145‑1 (MQ=255) tCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCgg < 2:206011/147‑1 (MQ=255) gATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAAc > 2:338100/1‑93 (MQ=255) gATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAAc < 1:338100/93‑1 (MQ=255) gATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTc > 2:360801/1‑148 (MQ=255) tAACGACTCGTTGACACAGTAGCATCACTTTTCTCATTGAATGTTAACCGGAGCTTAAACTCGGTTAATCCCATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGAGTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCGCTTCCa < 1:85755/148‑1 (MQ=255) 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aCGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAAt > 6:72555/1‑148 (MQ=255) cGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATCAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATATTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCAGACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAAt > 2:180682/1‑147 (MQ=255) gAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATGACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTa > 1:314881/1‑114 (MQ=255) gAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATGACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTa > 1:308874/1‑114 (MQ=255) gAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATGACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTa < 2:314881/114‑1 (MQ=255) gAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATGACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTa < 2:308874/114‑1 (MQ=255) 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ttAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTcaca < 1:327272/147‑1 (MQ=255) aaCGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACTTTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACct < 1:114564/147‑1 (MQ=255) ggAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACctgctg < 3:360236/148‑1 (MQ=255) cTTAAACTCGGTTAATGACATTTTGTTAGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGTTTTGCTTACCCTCATACATTTCCCGGTCCTCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGTCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCAc < 3:11748/148‑1 (MQ=255) cTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCAc < 4:64619/148‑1 (MQ=255) cTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCACGGTAAt < 7:214919/148‑1 (MQ=255) cTCGGTTAATCACATTATGTGCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTGCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCACGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCACGGTAAt < 6:359413/148‑1 (MQ=255) gTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGGTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCACGGTAATGTTg < 5:354218/148‑1 (MQ=255) atAATCACATTTTGTTCGTCAATAAAGATGCACCGATTTCTTCCGGTCTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGGCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCGCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACGTGCTGTCACGGTAATGTTGa < 2:132613/147‑1 (MQ=255) aaTCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCCGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCCTCCATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACGACATCCAGAGGGTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCACGGTAATGTTGat < 1:180682/147‑1 (MQ=255) aaTCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACAcc < 1:379833/126‑1 (MQ=255) aaTCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACAcc > 2:379833/1‑126 (MQ=255) aaTCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCACGGTAATGTTGat < 2:4440/147‑1 (MQ=255) aTCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCACGGTAATGTTGata < 1:437664/147‑1 (MQ=255) cacaTTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATGc > 2:341339/1‑148 (MQ=255) | AAACCGGCGGTGAATGCTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATGC > NC_000913/1622833‑1623122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |