| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,985 | C→A | 21.2% | intergenic (+87/‑383) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,985 | 0 | C | A | 21.2% | 74.5 / 3.9 | 39 | intergenic (+87/‑383) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/17); new base A (5/4); total (18/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAG > NC_000913/2560841‑2561129 | ggCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaa < 1:431419/148‑1 (MQ=255) aaaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTg < 6:307190/148‑1 (MQ=255) gCACCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:132491/147‑1 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 6:383389/147‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaaa < 8:340715/133‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaaa > 7:340715/1‑133 (MQ=255) aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACCTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa < 6:401101/148‑1 (MQ=255) aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCATAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa < 7:103756/148‑1 (MQ=255) aGTTATTATTAAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCTCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTTGGTAAAAATTTGCCTTTAATGTGGGAAAAAAg > 1:420264/1‑147 (MQ=255) gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGTAATCAGGCGGGCAATGTTCACGCCTTTTATTTGCCTTAAATCCATGAATTCAGGGGTGTCAAAAGTTGCCCTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 6:369065/148‑1 (MQ=255) gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGATTGGTGTGTAAAAAGTAGACTTTAAGGAGTGTCAAAAttt > 8:257345/1‑148 (MQ=255) ttattaTTCTAGCAGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGGCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGATTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg < 8:183829/148‑1 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGTTGGGTAAAATTTTGCCTTAAAGGTGGGGAAAATGTTg > 7:325925/1‑147 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg > 6:124630/1‑135 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 5:124630/135‑1 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAATGATGGGTAAAAAGTTTCCTTTAAGGAGCGTGAAAAGttt > 2:373983/1‑146 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCAGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTTGGTAAAAATTTGACTTTAAGGAGGGTCAAAATTTg > 4:402752/1‑147 (MQ=255) ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCAGtt > 5:310705/1‑147 (MQ=255) ttCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTTAGGGGGGTGGAAATTTggagtg > 5:52801/1‑142 (MQ=255) gacGTATAACATGAAATAACGGAATAAGCAGTGCAATTTTCCCTCCTTTTCTTTGCCTTAATTCAATGAATTCATGTGGGTCATAAGTTGCCGTTTTTGTTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 6:301744/144‑1 (MQ=25) cAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg > 7:211545/1‑97 (MQ=255) cAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 8:211545/97‑1 (MQ=255) ggCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGTCAAAATATGCATTTTAGGAGGGTGAAATTTTGGCGTATAGGTGTGTGAAATTTTGACTAGTAAGGAttg > 3:166921/1‑146 (MQ=255) gTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAATGGTGGCTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGCTGAAAAGTTGACTCGTAAGCATTGTACTAGTAAg > 3:202930/1‑147 (MQ=25) ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCTAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 3:143536/64‑1 (MQ=255) tctgctaaaaaGTACCCCTTATTGCTGGGTAAAAACCTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcg < 7:257345/139‑1 (MQ=37) ttctaatttGCCTTTATTGTGGGGTAAATACTAGCAGTTCAGTTGGTTCAAACTATGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATag < 2:338026/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGGCTAATGTTGACGAGAAAGAATTCTACTATTAAGATTTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTATCGGTCGGTCATa > 1:171361/1‑145 (MQ=37) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGATGTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTATCCTCCCGGTCGGTCATagagc > 2:295143/1‑147 (MQ=255) gTTTGTGGGGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 5:334358/148‑1 (MQ=255) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc > 3:36148/1‑145 (MQ=255) cttAGTGGTTCGTCAAAAGATTCCGTTAAGGTTGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTag < 3:164288/147‑1 (MQ=38) tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttt < 2:339696/112‑1 (MQ=255) tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttt > 1:339696/1‑112 (MQ=255) aGTGCTGGGTCATTACTAGCCTTTTAGGTGGGTTAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag < 8:236412/147‑1 (MQ=255) ctggtggGTCAATACGAGCCGTTTAGTTGGGTAAAATGTAGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTACGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGGCGCCTAGAGt < 5:28743/146‑1 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTGGGACAAAAGTTTCAGAGAAAGAATTCTACAATTAAGAATTCAAGGCGACGGCAGTTATTTATCATCACGGGCGGTCATAGAGAGGCGAATAGAGTTa > 4:186447/1‑147 (MQ=21) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa > 7:138059/1‑147 (MQ=255) gggTAAATAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACa < 6:310705/148‑1 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 7:113842/1‑145 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 1:84125/1‑145 (MQ=255) | GGCAGAAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAG > NC_000913/2560841‑2561129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |