| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,196,305 | C→T | R395C (CGT→TGT) | icd → | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,305 | 0 | C | T | 98.3% | 150.7 / NA | 59 | R395C (CGT→TGT) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (38/19); minor base G (0/1); total (39/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTT > NC_000913/1196167‑1196444 | gACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACCTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCACTCAACGCGAAAACCGTACCCTATGACTCCGAGCGCCt > 2:533535/1‑143 (MQ=25) acgaaGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTGGAGTGCCTg > 2:388633/4‑143 (MQ=255) aaaGTATTTCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgat < 2:153903/143‑1 (MQ=255) aaaGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACGTCGAGTGTCTgat > 1:699829/1‑143 (MQ=255) 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2:795283/143‑1 (MQ=18) tctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGCTGGCGCTACACTGCTGAACTGt > 1:410930/1‑143 (MQ=255) tctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGt > 1:250175/1‑143 (MQ=255) gCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCaga < 2:388074/143‑1 (MQ=255) cTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAAGGTTCagag > 2:230854/1‑143 (MQ=255) agaTGATGCTGCGGCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGttt < 1:554736/143‑1 (MQ=255) gatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTg > 1:229318/1‑143 (MQ=255) tgcGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAcgcg > 1:810387/1‑143 (MQ=255) cgcCACACGGTGTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCGGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGat < 2:363108/143‑1 (MQ=18) gcCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGCAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGatc > 1:239585/1‑143 (MQ=255) ccACATGCGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGatca < 1:468032/143‑1 (MQ=255) cataTGGATTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGGTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGatcat < 1:143918/140‑1 (MQ=255) tGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTCAATGTATGGAAGGCGCAAGCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCGAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGaa < 2:265157/143‑1 (MQ=18) gggTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCggag > 1:132564/1‑140 (MQ=255) tGGACCGAAGCGGCAGACTTAATTGTTGGAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACAt < 1:164054/143‑1 (MQ=255) gcGAAGCAGCTAGCTTAATGGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGGATTCTAGTGTGTGATGGATGGCGCGAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTaa < 1:522852/142‑1 (MQ=17) cGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTCAACTGCTGCACTGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAAt > 2:199923/1‑143 (MQ=255) cGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAGTGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATGATCGCAAATATGTatt > 2:637781/1‑141 (MQ=18) cGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAAt < 1:848329/143‑1 (MQ=255) cGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGAAGGCGCTACCCCGCAGCATGGGTCAGAGGGTGGTGACGCGATCATCGAACCCATGTact > 2:402751/1‑141 (MQ=17) aaGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGc > 1:445552/1‑143 (MQ=255) gCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACGTGTAATGCCGTAg > 1:85108/1‑143 (MQ=255) aCTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGCTGGATGGCGCTAAACTGCTGAACTGTTGTGTGCCAAGTCACGCGAAAGTCGTAGACGTGTAATGCCGTAGTTTg > 1:205145/1‑143 (MQ=18) ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGACACGTTCCGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACGTGTAATGCCGTAGGGTGtt > 1:249893/1‑143 (MQ=18) ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGCAAACATGTAATGCCGTAGTTGGtt > 2:338720/1‑143 (MQ=255) ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGtt > 1:677727/1‑143 (MQ=255) aTTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGACATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTCATGCCGTAGGTTGCTaca > 2:368066/1‑141 (MQ=18) tGTTACAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAAtt < 1:354782/143‑1 (MQ=255) tGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCCAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAAtt > 1:861908/1‑143 (MQ=255) ttAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATtta > 1:378966/1‑143 (MQ=255) tAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATttat < 2:250175/143‑1 (MQ=255) aaaGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATttatt > 2:460435/1‑143 (MQ=255) tATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACgg > 1:127571/1‑143 (MQ=255) gAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGCAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATAATCGCAAACATGTAATGCCGTAGTTGGTTAAATTTATTAACGGGAGc > 2:44427/1‑143 (MQ=255) gAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTACCGGGGGc > 1:162621/1‑143 (MQ=255) gcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACATCGAGTGTCTGATAGATGGCGCTAAACTGCTGAAATATTCAGAGGTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTGGTTACAATTATGAACGGGAGACTAACg > 2:342264/1‑143 (MQ=21) aaTCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGGTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTCGATTTATTAACGGGAGCGCAACGCt > 2:836103/1‑143 (MQ=25) tCAACGCGAGAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGTGATCGGAACGCTcc > 1:809442/1‑143 (MQ=25) aaCGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAACCATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGTAGCGTGACGCTCCCg > 1:506463/1‑143 (MQ=255) cgAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCgttgt < 1:509767/143‑1 (MQ=255) aCCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGtttttt < 2:425752/143‑1 (MQ=255) aCCGTAACCTATGACTGCGGGTGGCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGtttttt < 2:436594/143‑1 (MQ=255) ccGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGACATGTTCAGAGTTTGGTGCCGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAAAGGGAGCGTAACGCTCCGCTTGTTTTTTg > 1:762650/1‑143 (MQ=25) aCCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAgg < 1:484716/143‑1 (MQ=255) tATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCGGTAGTTTGTTAAATTCCTCAAAGGTAGCGTCACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGgctg > 2:189637/1‑143 (MQ=21) tATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCGCGTTGTTTTTTGTTAGgctg > 1:550751/1‑143 (MQ=255) tATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGgctg > 2:297090/1‑143 (MQ=255) ttCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACg > 1:727369/1‑143 (MQ=255) gAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCGGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTCACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGtt < 1:716979/143‑1 (MQ=255) gAGGGTCGGATGCAGGGCGCTAAACCGCTGAAATGTTCAGAGTGTGGTTACGCGTTCATCGAGCTCCTGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGtt < 2:684921/143‑1 (MQ=255) | GACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTT > NC_000913/1196167‑1196444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |